Messages Thèmes
19
General Annotathon issues, using the interface, bugs etc.
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Messages Lecteurs Sujet
5 Sep 2023 5:09 zxjin426 KU-ILAS-23
2
28 Errors
20 Apr 2018 8:30 ashru2006 Open Access
1
44 Genomic Sequence
20 Apr 2018 8:29 ashru2006 Open Access
1
13 Genomic Sequence
20 Apr 2018 8:24 ashru2006 Open Access
1
9 Genomic Sequence
22 Feb 2018 20:39 E_Meglecz18 USTH2018
1
29 closing time: 23:59 28th of February
6 Feb 2017 11:12 trungbui USTH2017
1
41 Questions about the evaluation 1
31 May 2016 10:53 CamaliaTan PSB2016
2
77 This sequence TO36D_5877010.1
21 Oct 2012 22:51 staggerwin Open Access
2
43 Neighboring fragments
14 Apr 2010 16:30 bigecske2 UNIDEB
1
28 annotálás
9 Jan 2009 21:38 Supervisor Open Access
1
62 The "Rule book" is updated
83
ORF finding
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Messages Lecteurs Sujet
27 Jul 2018 11:32 Ryann PSB2018
1
47 ORF
27 Jul 2018 11:27 Ryann PSB2018
1
12 ORF
27 Jul 2018 11:11 Ryann PSB2018
1
10 ORF
27 Jul 2018 9:31 NICSXY PSB2018
1
14 orf_1
27 Jul 2018 9:25 NICSXY PSB2018
1
19 ORF finding ORF1
26 Jul 2018 21:35 Jeremylimsy1995 Open Access
1
11 orf
26 Jul 2018 10:57 riceline PSB2018
1
10 FASTA FORMAT
26 Jul 2018 10:42 riceline PSB2018
1
3 FASTA
23 Jul 2018 13:36 shaz PSB2018
1
23 NO ORF
23 Jul 2018 7:14 Thasheeni PSB2018
1
27 ORF
32
Homolog hunting: BLAST
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Messages Lecteurs Sujet
7 Sep 2023 8:44 P_Hingamp_KU KU-ILAS-23
1
10 For detailed book chapter on BLAST scoring and E-values
6 Sep 2023 8:29 P_Hingamp_KU KU-ILAS-23
4
47 Concerning Sora's mysterious truncated BLAST lists of hits
27 Jul 2018 11:36 Ryann PSB2018
1
34 BLAST Analysis
23 Jul 2018 7:48 Thasheeni PSB2018
1
25 BLASTp
21 Jul 2018 7:40 Janus PSB2018
1
31 No significant homology
21 Jul 2018 7:32 Janus PSB2018
1
20 Only one homologue
21 Jul 2018 7:29 Janus PSB2018
1
15 No putative protein
21 Jul 2018 7:28 Janus PSB2018
1
20 Insignificant E-value
21 Jul 2018 7:23 Janus PSB2018
2
58 E-value too insignificant
19 Jul 2018 12:16 Tessaoh PSB2018
1
18 No homology
8
Multiple sequence alignements
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Messages Lecteurs Sujet
27 Jul 2018 11:41 Ryann PSB2018
1
10 MSA of top 5 sequences
23 Jul 2018 7:08 Thasheeni PSB2018
1
36 Multiple alignment
28 Apr 2011 8:40 SAS BSB6_spring2011
1
24 MSA
28 Apr 2011 8:18 HiraEjaz BSB6_spring2011
1
24 clustalw2
27 Apr 2011 9:52 B_hajra BSB6_spring2011
1
50 multiple sequence allignment
27 Apr 2011 9:37 B_hajra BSB6_spring2011
1
19 multiple sequence allignment
18 Apr 2011 9:36 sanafarheen BSB6_spring2011
1
17 msa :D
18 Apr 2011 9:29 sid_afo BSB6_spring2011
1
25 multiple sequnce alignmnt
17
Phylogenetic analysis
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Messages Lecteurs Sujet
25 Jun 2016 19:30 18575801_SY PSB2016
1
33 Phylogenetic tree
28 Apr 2011 8:21 HiraEjaz BSB6_spring2011
1
28 tree
27 Apr 2011 10:00 B_hajra BSB6_spring2011
1
31 tree analysis
18 Apr 2011 9:38 sanafarheen BSB6_spring2011
1
29 phylogenetic analysis
18 Apr 2011 9:32 sid_afo BSB6_spring2011
1
23 tree details
19 May 2009 11:17 Maleeha BSB06CIIT
1
30 annotation
27 Nov 2008 20:14 drhoads Open Access
11
899 How to get a textual phylogenetic tree?
1
Ontologies (molecular function & biological process)
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25 Jun 2016 19:34 18575801_SY PSB2016
1
9 ontologies
15
Conserved domains
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Messages Lecteurs Sujet
24 Jul 2018 9:57 Grace PSB2018
1
16 no conserved domain and function had been identified
20 Apr 2018 8:15 ashru2006 Open Access
1
19 INTERPROscan analysis
20 Apr 2018 8:14 ashru2006 Open Access
1
13 Protein Domains
20 Apr 2018 8:11 ashru2006 Open Access
1
7 Protein Domains
20 Apr 2018 8:07 ashru2006 Open Access
1
6 Protein Domains
20 Apr 2018 8:05 ashru2006 Open Access
1
3 Protein Domains
20 Apr 2018 8:04 ashru2006 Open Access
1
6 Protein Domains
20 Apr 2018 8:03 ashru2006 Open Access
1
7 Protein Domains
25 Jun 2016 19:32 18575801_SY PSB2016
1
14 Conserved domains
25 Jun 2016 10:54 YAPws PSB2016
1
8 Summary of TO78M_5925010.1
15
Conclusion
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Messages Lecteurs Sujet
21 Jul 2018 7:38 Janus PSB2018
1
27 Contains putative protein
22 Jan 2018 4:32 nhminh0701 USTH2018
1
21 Vai cut
25 Jun 2016 19:35 18575801_SY PSB2016
1
19 conclusion
24 Jun 2016 17:34 xuejing PSB2016
1
19 Annotathon report 18601881
24 Jun 2016 17:28 Verniselim PSB2016
1
15 Conclusion
24 Jun 2016 16:50 18393000 PSB2016
1
7 TO9D_5914020 Genomic DNA (: Algiers-Barcelona station 9 DCM)
24 Jun 2016 16:38 reggiepsb PSB2016
1
13 Conclusion on Sequence TO9S_5805010.1
24 Jun 2016 16:25 SiowChen PSB2016
1
4 >TO68D_5917010 Genomic DNA (: CapeTown-Ascencion station 68 DCM)
24 Jun 2016 16:14 SyawqinaAdlin PSB2016
1
7 Possible Putative Protein of TO32S_5896010.1
24 Jun 2016 8:40 018548141 PSB2016
1
13 Blastp findings of the -2, +1 and +3 reading frames of the genomic sequence
633
Annotathon: généralités, fonctionnement & bugs
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Messages Lecteurs Sujet
5 Nov 2023 22:19 levana L3-PGF-CTES-2023-24
2
30 doute annotation séquence
2 Nov 2023 16:34 Spoon L3-PGF-CTES-2023-24
2
26 Choix de sequence
1 Jul 2023 7:10 Mounire L3-PGF-CTES-2023
1
4 Fragment de séquence provenant de la mer Baltique. Annotathon
21 Feb 2023 21:37 marieb L3-PGF-CTES-2023
3
54 ouvrir 2 pages d'annotation
9 Feb 2023 19:36 marieb L3-PGF-CTES-2023
2
42 erreur
24 Nov 2022 10:51 AugustinF L3-PGF-2022
1
13 Oral de Bioinformatique
23 Nov 2022 13:16 bouillard L3-PGF-2022
2
26 pip
28 Sep 2022 18:52 bouillard L3-PGF-2022
3
47 recherche sequence
21 Apr 2022 14:07 Ma93 L3-PGF-CTES-2021
4
64 choix du groupe d'étude
14 Apr 2022 9:10 Laurence L3-PGF-CTES-2021
2
35 soumission séquence - passage de Annotation I à Corrrection I
459
Recherche d'ORF
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Messages Lecteurs Sujet
14 Feb 2024 18:41 Rapha L3_BBMCG_Limoges2024
1
10 Recherche d'ORF
12 Feb 2024 16:57 merlishhh L3_BBMCG_Limoges2024
2
25 ORF finding
27 Nov 2023 15:00 R_Delage Rennes_M2_2023
1
9 ORF Finder for reverse sequence (with SMS)
27 Nov 2023 15:00 D_Roy Rennes_M2_2023
1
8 SMS ORfinder for reverse sequence
27 Nov 2023 14:53 AntoineMD Rennes_M2_2023
1
9 1 ORF found frame 3 direct
27 Nov 2023 14:50 AntoineMD Rennes_M2_2023
1
6 No ORFs were found
13 Nov 2023 14:12 Cate L3-PGF-CTES-2023-24
2
24 Choix d'ORF
10 Nov 2023 11:02 MPAULINE L3-PGF-CTES-2023-24
2
26 ORF complet ou non
3 Nov 2023 15:25 Snow L3-PGF-CTES-2023-24
2
19 Deux ORF potentiel
27 Oct 2023 14:36 Yael L3-PGF-CTES-2023-24
3
42 ORF faux positif
782
Recherche d'homologues: BLAST
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Messages Lecteurs Sujet
28 Nov 2023 16:44 Spoon L3-PGF-CTES-2023-24
2
22 e-valeur seuil
26 Nov 2023 16:08 Spoon L3-PGF-CTES-2023-24
2
12 Fonctions des sequences
25 Nov 2023 19:19 levana L3-PGF-CTES-2023-24
2
17 plus d'alignement homologue groupe externe que groupe d'etude
25 Nov 2023 1:49 odessaH L3-PGF-CTES-2023-24
2
19 Tableau de fonctions
24 Nov 2023 9:02 FlorentinS L3-PGF-CTES-2023-24
4
40 Choix du niveau de classification taxonomique et du groupe d'étude
23 Nov 2023 20:00 levana L3-PGF-CTES-2023-24
2
12 groupe externe
20 Nov 2023 13:14 Spoon L3-PGF-CTES-2023-24
4
32 Uniprot
20 Nov 2023 7:10 Cate L3-PGF-CTES-2023-24
2
20 Choix du groupe taxonomique
20 Nov 2023 3:41 Cate L3-PGF-CTES-2023-24
2
13 Rôle de l'ORF
17 Nov 2023 1:23 levana L3-PGF-CTES-2023-24
2
16 taxonomy report à refaire ?
362
Alignement multiple: CLUSTALW
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Messages Lecteurs Sujet
23 Nov 2023 20:33 Cate L3-PGF-CTES-2023-24
3
15 Arbre
23 Nov 2023 17:09 avigail L3-PGF-CTES-2023-24
7
70 phylogénie
9 Nov 2023 21:31 Yael L3-PGF-CTES-2023-24
7
72 séquences qui commencent en amont de mon ORF
29 May 2023 10:14 wuhan_killers WutAMU2023
2
24 Changer le nombre d'INDELS.
12 May 2023 0:28 Varly L3-PGF-CTES-2023
2
12 Nombres de séquences
28 Apr 2023 17:11 B_Wirth_23 Bioch2023
1
7 Trouver les résidus importants pour la fonction/activité de notre famille de protéines
14 Apr 2023 16:14 Printemps2023 L3-PGF-CTES-2023
1
11 ORF beaucoup plus court que les homologues
14 Apr 2023 13:57 Quentacio Bioch2023
2
27 Construction de l'arbre
31 Mar 2023 13:21 noapardo L3-PGF-CTES-2023
6
68 Choix de groupe d'étude
17 Mar 2023 0:28 AMIRA L3-PGF-CTES-2023
4
32 Choix des groupes extérieurs
1023
Analyse phylogénétique
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Messages Lecteurs Sujet
7 Jan 2024 17:50 TEHI L3-PGF-CTES-2023-24
6
54 Réenraciner l'arbre
26 Nov 2023 14:36 levana L3-PGF-CTES-2023-24
2
14 robustesse basse doute bis
26 Nov 2023 14:14 levana L3-PGF-CTES-2023-24
1
8 robustesse basse
26 Nov 2023 3:29 Sarahdm L3-PGF-CTES-2023-24
2
15 groupe d'étude
26 Nov 2023 2:14 Cate L3-PGF-CTES-2023-24
6
43 Arbre
25 Nov 2023 23:32 levana L3-PGF-CTES-2023-24
2
16 ré-enraciner mon arbre ?
23 Nov 2023 15:12 odessaH L3-PGF-CTES-2023-24
8
80 souci d'enracinement et de noms
22 Nov 2023 18:59 Snow L3-PGF-CTES-2023-24
2
15 Choix du groupe extérieur e valeur proche
20 Nov 2023 13:33 Sarahdm L3-PGF-CTES-2023-24
9
99 embranchement
17 Nov 2023 12:13 MPAULINE L3-PGF-CTES-2023-24
6
51 Choix du groupe d'étude et du groupe extérieur
152
Domaines conservés: INTERPRO
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Messages Lecteurs Sujet
24 Nov 2022 15:00 LesPerdus BioCell2022
1
29 Petit problème sur la recherche de domaines protéiques INTERPRO
1 May 2022 17:41 SRSM Bioch2022
2
9 Choix du domaine
11 Apr 2022 23:00 Sylia Bioch2022
3
40 Domaine protéique non conservé dans la famille
26 Mar 2022 12:10 mongeoussada Bioch2022
2
30 Choix du domaine retenu
13 Oct 2021 20:01 ilonaMi Master-Mer-2021
3
35 Choix du profil Interpro pour table 2
13 Oct 2021 19:57 ilonaMi Master-Mer-2021
1
8 Choix du profil Interpro pour table 2
13 Oct 2021 19:56 ilonaMi Master-Mer-2021
1
8 Choix du profil Interpro pour table 2
4 Oct 2021 18:16 emmaRO Master-Mer-2021
2
29 Domaines protéiques à annoter
27 Sep 2021 17:42 Thibault_A Master-Mer-2021
2
34 Domaines protéiques INTERPRO
20 Sep 2021 11:15 ilonaMi Master-Mer-2021
2
30 Base de données
52
Fonctions moléculaires & Processus biologiques
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Messages Lecteurs Sujet
28 Apr 2023 16:46 B_Wirth_23 Bioch2023
1
3 Absence de processus biologique dans Interpro
28 Apr 2023 16:32 B_Wirth_23 Bioch2023
1
2 Symbole de gène
29 Apr 2022 11:21 Faiznaleann Bioch2022
4
31 Contradiction
28 Apr 2022 10:37 B_Wirth_22 Bioch2022
1
12 Choix du Processus biologique
21 May 2019 18:52 DebB L3-PGF-CTES-2018
3
50 Doute sur le groupe d'étude et la séquence analysée
12 May 2018 23:15 MissDia95 Bioch2018
1
13 Classification de l'ORF
24 Feb 2017 16:24 ClaraSophie Bioch2017
2
46 Domaine proteique
23 Feb 2017 14:22 Vincent-Marine Bioch2017
3
71 Choix de la fonction/processus et gène
27 Apr 2015 22:41 FranckLea Bioch2015
7
136 Détermination du gène
22 Mar 2014 14:04 Tythan AMIG2016
2
55 Problème de choix de la fonction moléculaire
129
Conclusion
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Messages Lecteurs Sujet
28 Dec 2023 16:23 odessaH L3-PGF-CTES-2023-24
2
11 source fonction
26 Nov 2023 0:55 Yael L3-PGF-CTES-2023-24
2
26 longueur de la conclusion
26 Nov 2023 0:40 Yael L3-PGF-CTES-2023-24
2
18 identifier les branches de l'arbre phylogénétique avec des lettres
17 Nov 2023 13:50 Yael L3-PGF-CTES-2023-24
2
20 choix du nom scientifque à mettre dans la conclusion
12 Oct 2022 12:16 IMalki L3-PGF-2022
1
19 Pour sars Cov 1
28 Sep 2022 14:18 LILYROSEPGF L3-PGF-2022
1
19 J'ai trouvé des nouveaux génomes + génome privé
27 Sep 2022 17:48 P_Hingamp_PGF22 L3-PGF-2022
1
12 Paru hier : article "Origine du SARS-CoV-2 et du Covid-19 : le point sur l’enquête en cours et les dernières hypothèses"
26 Sep 2022 18:51 P_Hingamp_PGF22 L3-PGF-2022
1
11 Le virus qui venait du froid...
23 Sep 2022 10:38 hoda1 L3-PGF-2022
1
21 J'ai trouvé le génome complet de la souche BANAL-20-52/Laos/2020 identifiée par l'Institut Pasteur
22 Sep 2022 20:27 LILYROSEPGF L3-PGF-2022
1
20 J'ai trouvé le génome complet de SARS-Cov1 (Souche Tor2)