Bonjour,
les messages en vert ne sont pas des erreurs, mais simplement des informations.
Le message, "[ Pour info ] 5' incomplet: ne commence pas par une Méthionine'", n'est donc PAS grave !
Ce message vous informe seulement que votre ORF "semble incomplet en 5' ", car il ne commence pas par une méthionine.
MAIS ceci peut parfois simplement être lié à la recherche d'ORF que vous avez faite : paramètre "ANY codon" => l'ORF démarre par ANY codon, ce n'est pas forcément un codon start, donc pas forcément un codon codant une Méthionine.
C'est le cas de votre ORF, d'où ce message en vert.
Pour définir si l'ORF est complet ou incomplet en 5', il faut regarder la position de début de l'ORF.
- tells me that the ORF isn't complete from 5'.however, it's oppose to the result that I determined in the table 1 of the list 'ORF complet en 5' I think maybe because this ORF starts from the second place.
==> votre conclusion est fausse.
Votre ORF démarre en position 2, donc au 2ème nucléotide du fragment d'adn.
Un ORF commençant à la position 1, 2 ou 3 a de fortes chances d'être incomplet en 5' !
Car, combien avez-vous de nucléotide en amont de votre ORF ? => 1 seul nucléotide...
Est-ce suffisant pour former un codon ? => la réponse est non.
On ne sait donc pas quel codon précède l'ORF détecté, cet ORF pourrait être bien plus long en 5'.
Par conséquent, un ORF commençant à la position 1, 2 ou 3 a de fortes chances d'être incomplet en 5'.
- tells me that the ORF isn't complete from 5'.however, it's oppose to the result that I determined in the table 1 of the list 'ORF complet en 5' I think maybe because this ORF starts from the second place.
==> et quelle est votre conclusion à partir de l'alignement multiple obtenu ?
Regardez aussi votre alignement multiple.
- so there are other 2 ORFs that also start from very beginning, it's right that I can't determine ORF 5' is complete or not for this kind of ORF starts from very beginning,
==> Un ORF commençant à la position 1, 2 ou 3 a de fortes chances d'être incomplet en 5', car il n'y a pas suffisamment de nucléotides en amont pour former un codon.
On ne sait donc pas quel est le codon qui précède votre ORF : est-ce un codon stop ? un codon codant un aa ? On ne le sait pas.
Par conséquent, l'ORF pourrait être bien plus long en 5'.
Bien cordialement,
Bénédicte WIRTH