Bonsoir Madame,
Après avoir enlevé les séquences contenant trop de gaps ou avec des insertions trop grandes j'ai obtenus un meilleur alignement (53%). Le début de la séquence de mon ORF semble encore posé problème, il n'est pas aligné plus loin dans les séquences. A part conclure que la méthionine se trouve plus en aval je ne vois pas ce que je peux faire. Il est écrit dans la FAQ qu'il est nécessaire de revoir la position de début de l'ORF, il y a bien une Méthionine beaucoup plus loin mais est-ce le début de l'ORF.
Après avoir tracé l'arbre, l'ORF et toutes les espèces du groupe d'étude semblent regroupés au même endroit mais dès que j'utilise autre chose que l'ORF et une des espèce de Caldilinea on s'aperçoit que l'ORF n'est pas situable sur l'arbre; il peut se trouver lié au groupe d'étude ou au groupe extérieur.
De plus lorsque je choisis une autre branche que les deux branches extérieurs du groupe Caldilinea je remarque que les espèces ne sont pas liées entre elles de la même manière que pour les arbres précédents, est-ce-que cela pourrait indiquer que mon arbre n'est pas très robuste?
Est-ce-que cela signifie que je ne peut pas conclure quand à l'appartenance taxonomique de cette séquence?
Est-ce-que cela signifie que je vais devoir élargir le groupe?
En vous remerciant par avance.
Bonne soirée.