Bonjour,
Oui, vous devez vous focaliser sur les résultats intégrés dans Interpro, donc les domaines avec un numéro d'accession IPRxxxxx.
Les domaines non intégrés dans Interpro ne seront pas analysés, et sont donc rejetés.
C'est bien le cas de votre domaine Gene3D.
On peut aussi rejeter un domaine dans le cas d'un souci de e-value : evalue absente (non calculée ou non renseignée), ou e-value trop élevée.
Bien cordialement,
Bénédicte WIRTH