Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: e-value seuil par SP

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e-value seuil par SP
chengbams
15 Apr 2024 9:42
Non evaluated contribution

this is the blastp result by swissport and I try to determine the e-value seuil.

this is a e-value jump(2e-86→7e-28) in the black frame, normally it should have function change, but I don't see any change of the names of this two lines.so there is any wrong?

thanks very much!

B_WIRTH_WUT_24
16 Apr 2024 13:22
Game master

Bonjour,

 

this is a e-value jump(2e-86→7e-28) 

==> C'est effectivement un saut de e-value. Par contre, ce saut n'est pas associé à un changement de fonction !

Et e-value = 7e-28 est toujours une e-value faible, significative, cette séquence est donc toujours, très probablement un homologue !

 

D'ailleurs, la dernière séquence

RecName: Full=4-alpha-glucanotransferase; AltName:...             Escherichia ... NA              83333      67.8   67.8  72%   4e-11  26.98  694        P15977.2  

est très probablement toujours homologue !

car e-value <e-10, presque 30% d'identité (même si un peu moins) sur 72% de couverture...

==> Donc il y aurait ici que des homologues.

==> Donc où serait le seuil entre homologues et non homologues ?

 

Bien cordialement,

Bénédicte WIRTH