Bonjour,
Quand vous cherchez dans QuickGO, en effet le premier GO est GO:0036122 avec 'BMP binding' comme nom, où on apprend, que BMP est ‘bone morphogenetic protein’ ? Ceci me semble bizarre pour une protéine bactérienne. Je suppose que le BMP dans ‘BMP family ABC transporter substrate-binding..’ est l’abréviation d’un autre terme, mais malheureusement ce n’est pas explicité dans la fiche des hits.
Le deuxième GO est 0055051, et ceci est le même mentionné dans la fiche de premier hit dans refseq_protein. Je partirai plutôt dans cette direction. De plus, ceci corresponds mieux à certaines fonctions trouvées dans swissprot.
De règle générale, swisspot est précieux pour trouver des informations sur les fonctions. Néanmoins, les meilleurs hits dans swissprot n’ont que 30-35% identités avec l’ORF, ci que est nettement plus faible que les meilleurs hits dans refseq_protein. De plus les premiers hits de refseq_protein sont bien annotés avec des liens vers les termes GO. Je me baserais plutôt sur ces informations.
En ce qui concerne les Evaleur de swissprot, en effet au-dessus des 1e-5 (voir 1e-10) on peut avoir une doute sur l’homologie des séquences. Pour cette raison, je vous demande d’établir un Evaleur seuil dans le tableau 2, qui sépare des séquences certainement homologues et les séquences où on commence à avoir de doute sur l’homologie. Examinez bien les Evaleus et les fonctions de swissprot pour établir ce seuil.
Bon travail,
Emese Meglecz