Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: Rôle de l'ORF

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Rôle de l'ORF
Cate
20 Nov 2023 3:41
Contribution non évaluée

Bonjour Madame,

Lorsque j'utilise le site quickGO aucun synonyme ne m'est donné, est-ce dû au fait que mes hits ont des noms très similaire?

De plus ce site me donne la fonction de ces hits : https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/term/GO:0036122 , mais lorsque j'effectue  mon BLASTp contre SwissProt et que je clic sur la première fiche proposé :https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/O05252.2?report=genbank&log$=prottop&blast_rank=1&RID=NC7UA34B013, je tombe sur des article :https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22882210/ et des références au site GO qui me donnent des définitions en apparence différentes de la première définition trouvée. Sur quelles informations dois-je me baser pour déterminer la fonction de mon ORF? Est-ce-ce que je dois approfondir mes recherches pour déterminer si il y a un lien entre tout cela? 

En faisant BLASTp contre SwissProt j'obtiens une e-valeur très élevée, pouvant aller jusqu'à 8.3, peut-on encore affirmer que ces séquences sont similaires ou est-ce-que cela est dû au hasard? (Les hits avec l'e-valeur la plus élevé sont des alignements très court).

En vous remerciant par avance.

Bonne journée.

Meglecz23-4CTES
20 Nov 2023 9:13
Maître de jeu

Bonjour,

 

Quand vous cherchez dans QuickGO, en effet le premier GO est GO:0036122 avec 'BMP binding' comme nom, où on apprend, que BMP est ‘bone morphogenetic protein’ ? Ceci me semble bizarre pour une protéine bactérienne. Je suppose que le BMP dans ‘BMP family ABC transporter substrate-binding..’ est l’abréviation d’un autre terme, mais malheureusement ce n’est pas explicité dans la fiche des hits.


Le deuxième GO est 0055051, et ceci est le même mentionné dans la fiche de premier hit dans refseq_protein. Je partirai plutôt dans cette direction. De plus, ceci corresponds mieux à certaines fonctions trouvées dans swissprot.


De règle générale, swisspot est précieux pour trouver des informations sur les fonctions. Néanmoins, les meilleurs hits dans swissprot n’ont que 30-35% identités avec l’ORF, ci que est nettement plus faible que les meilleurs hits dans refseq_protein. De plus les premiers hits de refseq_protein sont bien annotés avec des liens vers les termes GO. Je me baserais plutôt sur ces informations.

 

En ce qui concerne les Evaleur de swissprot, en effet au-dessus des 1e-5  (voir 1e-10) on peut avoir une doute sur l’homologie des séquences. Pour cette raison, je vous demande d’établir un Evaleur seuil dans le tableau 2, qui sépare des séquences certainement homologues et les séquences où on commence à avoir de doute sur l’homologie. Examinez bien les Evaleus et les fonctions de swissprot pour établir ce seuil.

 

Bon travail,
Emese Meglecz