Bonjour,
En faisant ma recherche d'ORF j'en ai trouvé deux qui semblent être de bon candidats mais en regardant dans la traduction de l'ORF7 je m'aperçois qu'il n'y a pas d'* indiquant la présence d'un codon STOP. Est-ce-que cela signifie que cet ORF est incomplet même s'il se termine avant la fin de la séquence?
Il ne reste que 2 nucléotides après la fin de l’ORF 7. Ceci étant plus court qu’un codon, on peut dire que l’ORF arrive à la fin de la séquence, car il se termine par le dernier codon complet. Donc, en effet, le manque de codon stop à la fin indique que l’ORF est probablement incomplet en 3’.
Ces deux ORFs ont tout deux une taille supérieur à 150 aa at possèdent au moins 5000 alignements, comment choisir lequel analyser?
Vous pouvez tester les deux, mais à priori je choisirais le plus long pour avoir plus d’information pour la phylogénie. Ceci dit, si le meilleur % identité de l’ORF6 est nettement plus faible que pour l’ORF 7, alors c’est peut être l’ORF 7 est mieux, car l’alignement multiple sera probablement plus simple. Difficile à donner une réponse claire, avant de voir les résultats de BLAST.
Dans le protocole de recherche des ORFs, est-ce-qu'il faut préciser que BLAST a été utilisé pour trouver le nombre d'alignement ou est-ce implicite?
C’est implicite, mais si vous ajoutez cette information, vous ne perdez rien et on gagne en précision.
Bon travail,
Emese Meglecz