Forum "Recherche d'ORF"

Sujet de discussion: Choix d'ORF

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Choix d'ORF
Cate
13 Nov 2023 14:12
Contribution non évaluée

Bonjour Madame,

En faisant ma recherche d'ORF j'en ai trouvé deux qui semblent être de bon candidats mais en regardant dans la traduction de l'ORF7 je m'aperçois qu'il n'y a pas d'* indiquant la présence d'un codon STOP. Est-ce-que cela signifie que cet ORF est incomplet même s'il se termine avant la fin de la séquence?

Ces deux ORFs ont tout deux une taille supérieur à 150 aa at possèdent au moins 5000 alignements, comment choisir lequel analyser?

Dans le protocole de recherche des ORFs, est-ce-qu'il faut préciser que BLAST a été utilisé pour trouver le nombre d'alignement ou est-ce implicite?

En vous remerciant par avance.

 

Meglecz23-4CTES
13 Nov 2023 16:07
Maître de jeu

Bonjour,

 

En faisant ma recherche d'ORF j'en ai trouvé deux qui semblent être de bon candidats mais en regardant dans la traduction de l'ORF7 je m'aperçois qu'il n'y a pas d'* indiquant la présence d'un codon STOP. Est-ce-que cela signifie que cet ORF est incomplet même s'il se termine avant la fin de la séquence?


Il ne reste que 2 nucléotides après la fin de l’ORF 7.  Ceci étant plus court qu’un codon, on peut dire que l’ORF arrive à la fin de la séquence, car il se termine par le dernier codon complet. Donc, en effet, le manque de codon stop à la fin indique que l’ORF est probablement incomplet en 3’.

 

Ces deux ORFs ont tout deux une taille supérieur à 150 aa at possèdent au moins 5000 alignements, comment choisir lequel analyser?


Vous pouvez tester les deux, mais à priori je choisirais le plus long pour avoir plus d’information pour la phylogénie. Ceci dit, si le meilleur % identité de l’ORF6 est nettement plus faible que pour l’ORF 7, alors c’est peut être l’ORF 7 est mieux, car l’alignement multiple sera probablement plus simple. Difficile à donner une réponse claire, avant de voir les résultats de BLAST.

 

Dans le protocole de recherche des ORFs, est-ce-qu'il faut préciser que BLAST a été utilisé pour trouver le nombre d'alignement ou est-ce implicite?
C’est implicite, mais si vous ajoutez cette information, vous ne perdez rien et on gagne en précision.

 

Bon travail,
Emese Meglecz