Vous nous dites à la première correction:

-phylogénie:taxonomie:Les noms de groupes ajoutés dans l’arbre ne sont pas pertinents (bacteria, enterobacteria…)
-blast:taxonomie:Refaire un BLAST en augmentant le nombre de hits à afficher de 100 à 250, voire 500 ou plus, afin de cerner correctement le paysage des homologues

Le problème c'est que dans notre taxonomie repport on a que des bactéries en tout genre et des eucaryotes donc nous ne pouvons pas être plus pertinants. On a donc choisis que des bactéries et nous avons fait un arbre non raciné pour trouvé un sous-groupe le plus proche est-ce suffisant?
Avec un blastp sur nr avec 10 000réponses on obtient toujours pas d'e-value superieures à e-20. C'est pourquoi nous avons fait un blastp sur swissprot à 500 réponses sur conseille d'un prof à la dernière scéance. Or je vois qu'on me demande d'en refaire un avec 500 réponses, c'est une erreur de votre part non?

Le commentaire souligne le fait que les noms qui figurent dans votre arbre ne sont pas homogènes du point de vue taxonomique:
- Les entero sont des gamma-protéobactéries, mais aussi des bactéries.
- Les bacteria ? oui mais quel groupe.
Vous devez faire figurer dans les arbres les noms de groupes les plus pertinents et pas automatiquement ceux fournis [] dans le taxonomie report...
On vous a dit plusieurs fois en TD de consulter SYSTEMATIQUEMENT sur les fiches des séquences que vous voulez inclure dans vos analyses et de choisir l'affiliation taxonomique pertinente vis à vis du niveau taxonomique auquel vous vous situez.
Céline Brochier