Forum: Analyse phylogénétique

Messages Readers Subject 27 Nov 2020 16:14 EmOmFa PGF-2020 2 20 Abre phylogénétique 21 Nov 2020 13:20 ChaDev Master-Mer-2020 2 10 Séquences métagénomiques 21 Nov 2020 10:59 ChaDev Master-Mer-2020 1 5 Rapport taxonomique 21 Nov 2020 10:11 ChaDev Master-Mer-2020 2 9 Rapport taxonomique 10 Nov 2020 22:40 PHingampMM20 Master-Mer-2020 2 12 Arbres BioNJ 2 Oct 2020 11:11 ChaDev Master-Mer-2020 3 27 Perte séquences pour aligment + arbre 27 Apr 2020 11:53 eleonore L3-PGF-CTES-2019 2 14 bootstrap 22 Apr 2020 2:01 CandiceC L3-PGF-CTES-2019 5 55 Positionnement de l'ORF dans l'arbre 21 Mar 2020 16:26 YasmineMyriam Bioch2020 2 38 Arbre phylogénétique 18 Mar 2020 19:44 SSA Bioch2020 2 52 construction des arbres 18 Mar 2020 11:52 Yassine Bioch2020 2 50 Séparation des deux groupes d'étude et externe 17 Mar 2020 18:37 ouno Bioch2020 7 150 Arbre phylogénique 20 Sep 2019 16:15 PHingampMM19 Master-Sciences-Mer 1 9 Image de l'arbre "Zarbi" de la séquence OMRGCv2_8442080 26 May 2019 16:27 SARAH L3-PGF-CTES-2018 1 11 RACINE et noeud 24 May 2019 15:08 SARAH L3-PGF-CTES-2018 4 53 probleme racine 28 Apr 2019 18:41 sheina L3-PGF-CTES-2018 4 36 Format du texte pour l'arbre 26 Apr 2019 15:04 SARFEL Bioch2019 4 52 Arbe phylogénique 25 Apr 2019 10:26 Audelia L3-PGF-CTES-2018 2 22 Choix du groupe d'étude 15 Apr 2019 17:26 DJABER-HOU L3-PGF-CTES-2018 2 24 les séquences de groupe extérieure dans l'arbre phylogénique 12 Apr 2019 20:37 KareneFunaro L3-PGF-CTES-2018 6 109 Arbre 12 Apr 2019 19:25 HarryTuttle L3-PGF-CTES-2018 5 83 Arbre 2: même type de problème que JulieP dans "Arbre"? 12 Apr 2019 17:03 chloegouyet L3-PGF-CTES-2018 4 59 enracinement 12 Apr 2019 14:17 chloegouyet L3-PGF-CTES-2018 2 28 choix du groupe externe 10 Apr 2019 17:37 Leacauchois18 L3-PGF-CTES-2018 4 56 Problème d'enracinement. 8 Apr 2019 12:43 LAETITIA L3-PGF-CTES-2018 3 62 sous-groupe Gammaproteobacteria 7 Apr 2019 20:39 FIO19 L3-PGF-CTES-2018 4 89 Enracinement de l'arbre 4 Apr 2019 9:52 JulieP L3-PGF-CTES-2018 8 122 Arbre 3 Apr 2019 19:31 LAETITIA L3-PGF-CTES-2018 3 48 Flavobacteriia bizarrement enraciné 29 Mar 2019 2:19 lea L3-PGF-CTES-2018 4 64 Choix groupe d'étude et groupe extérieur 24 Mar 2019 17:39 isis L3-PGF-CTES-2018 5 73 Arbre 20 Mar 2019 19:31 Lucien L3-PGF-CTES-2018 13 290 Rédaction 15 Mar 2019 14:56 Krystel L3-PGF-CTES-2018 5 55 Information recherche erreur NCBI 13 Mar 2019 21:26 P-AL L3-PGF-CTES-2018 17 400 Arbre phylogénique pas vraiment distinctif 9 Mar 2019 0:03 Krystel L3-PGF-CTES-2018 5 65 Choix difficile du groupe d'étude-ordre incertain avec e-value égale au groupe d'étude 1 Mar 2019 17:32 zineddhu Bioch2019 2 71 Exploitation de l'arbre phylogénétique 25 Feb 2019 11:45 TOMADEO L3-PGF-CTES-2018 3 53 E valeur = 0 15 Nov 2018 19:49 CPeger13 PGF-2018 4 92 Arbre BioNJ 11 May 2018 19:21 MissDia95 Bioch2018 1 3 TaxReports/ Analyse des résutats/ table 5 9 May 2018 16:42 Rosonp Bioch2018 2 13 Arbre phylogénétique 29 Apr 2018 14:18 Rosonp Bioch2018 2 5 Taxreport 25 Apr 2018 16:48 LBMH Bioch2018 3 48 Groupe extérieur 2 Apr 2018 16:25 GRP1_GESTIN BISM2018 3 54 Taxons et groupes intérieurs/extérieurs 16 Apr 2017 18:39 ClaraSophie Bioch2017 2 18 séquences eucaryotes 29 Mar 2017 9:23 Vincent-Marine Bioch2017 2 27 Re enracinement de l'arbre (issus de la matrice de distance) 23 Feb 2017 10:56 Vincent-Marine Bioch2017 6 72 Re enracinement de l'arbre (issus de la matrice de distance) 7 Nov 2016 15:26 SBDA BioCell2016 2 46 AU SECOURS, URGENT! 31 Oct 2016 10:54 voyagel3 BioCell2016 2 38 Hypothèse des événements évolutifs d'une espèce: DA ou HTG? 4 Oct 2016 18:06 P_Hingamp_BC16 BioCell2016 1 31 Si vous observez des arbres "tous mélangés"... 29 Sep 2016 14:58 zbrrrrra BioCell2016 2 55 détermination du groupe d'étude et extérieur 24 Sep 2016 16:38 Nico-Sosso BioCell2016 2 63 Choix du groupe extérieur 16 Dec 2015 0:17 Pilgrim BioCell2015 3 37 Conclusion sur la provenance de notre ORF 2 May 2015 18:50 FranckLea Bioch2015 2 24 Topologie de l'arbre 24 Apr 2015 14:06 FranckLea Bioch2015 5 57 Groupe d'étude et groupe extérieur 12 Apr 2015 14:28 Tcyr_Ab AMIG2016 3 45 Phylogeny.fr HS 29 Mar 2015 11:22 IrigarayA Bioch2015 2 20 Etiquettes arbre 24 Mar 2015 9:53 Charjay AMIG2016 2 33 Distinction d'un groupe extérieur 17 Dec 2014 14:57 Ali_Attaf BioCell2014 4 44 Sous-groupes 17 Dec 2014 11:13 Ali_Attaf BioCell2014 3 29 Question correction Madame WIRTH 15 Dec 2014 11:41 adrianna BioCell2014 4 35 Choix groupe externe 9 Dec 2014 16:30 Ali_Attaf BioCell2014 2 18 Arbre noeuds profonds mal soutenus 9 Dec 2014 10:38 ELPO BioCell2014 2 16 Contradiction dans la correction 21 Nov 2014 17:08 LB-MN BioCell2014 10 213 nouvel arbre séquence 1 6 Nov 2014 10:54 Ali_Attaf BioCell2014 4 28 noeuds mal supportés 6 Nov 2014 8:26 ELPO BioCell2014 2 28 Choix du groupe d'étude et groupe externe 5 Nov 2014 20:02 BG-L3BC BioCell2014 3 35 Détermination du groupe d'étude 5 Nov 2014 17:39 LB-MN BioCell2014 2 36 Arbre BioNJ 4 Nov 2014 16:06 giaccherini BioCell2014 6 55 problème racinement arbre 4 Nov 2014 15:12 Ali_Attaf BioCell2014 7 104 groupe exterieur et groupe interieur 4 Nov 2014 13:47 Minions BioCell2014 2 30 Groupes extérieur et d'étude mal séparés 4 Nov 2014 12:52 LB-MN BioCell2014 14 242 arbre phyMl 3 Nov 2014 14:54 caiane BioCell2014 2 28 Différentes fonctions dans TAX REPORT 3 Nov 2014 9:37 axelleleif BioCell2014 2 29 groupe étude/ groupe exterieur 31 Oct 2014 14:35 LB-MN BioCell2014 2 24 Choix du groupe d'étude et externe 28 Oct 2014 8:32 bordigoniducrot BioCell2014 2 42 Choix groupe d'étude et groupe extérieur 23 Oct 2014 18:35 louiselisa BioCell2014 2 34 choix des groupes et enracinement de l'arbre 10 Oct 2014 0:05 giaccherini BioCell2014 2 28 ORF groupe d'étude/groupe extérieur 8 Oct 2014 19:47 genouxcagneux BioCell2014 2 31 Notre ORF se retrouve dans le groupe exterieur 8 Oct 2014 11:44 Minions BioCell2014 2 53 Groupe d'étude et groupe extérieur 5 Oct 2014 9:59 Ali_Attaf BioCell2014 4 129 Groupe extérieur 22 Mar 2014 16:27 Tythan AMIG2016 2 56 Question groupe d'étude et groupe externe 18 May 2012 20:09 MERROUCH Biochimie 2012 3 36 arbre non raciné 6 May 2012 13:18 nanais AMIG 2 16 Difficulté d'interprétation de notre arbre: groupe d'étude scindé en deux. 30 Apr 2012 12:08 Stellathan Biochimie 2012 2 19 Erreur de tree rendering 29 Apr 2012 18:26 nanais AMIG 10 143 Problème reconstruction TreeDyn 27 Apr 2012 17:50 lopez_falce AMIG 2 15 un seul groupe de bactéries 25 Apr 2012 12:08 Gp1_HUGONI Biochimie 2012 5 75 Besoin d'aide 23 Apr 2012 18:22 alcam AMIG 2 26 Difficultés d'analyse de l'arbre phylogénétique 24 Mar 2012 16:49 jash AMIG 2 22 Pas d'alignements satisfaisants pour construire l'arbre phylogénétique 23 Mar 2012 13:28 az-com AMIG 3 90 analyse de notre arbre phylogénétique 18 Mar 2012 19:56 DRAMALOVE Biochimie 2012 1 14 Congruence 18 Mar 2012 10:52 Omb_Cla AMIG 2 10 Choix du groupe d'étude et des groupes extérieurs 17 Mar 2012 22:30 nanais AMIG 2 14 Archées dans l'étude taxonomique et éventuel biais. 15 Mar 2012 16:51 nanais AMIG 2 10 Serveur phylogeny momentanément indisponible 15 Mar 2012 13:06 camardi AMIG 2 12 Choix de sequences pour taxonomie 13 Mar 2012 14:15 nanais AMIG 2 16 Archaea versus bacteria 13 Mar 2012 10:34 clemshe Biochimie 2012 1 12 provenance d'un homologue 7 Mar 2012 11:55 SoMe Biochimie 2012 1 14 arbre 27 Feb 2012 21:33 CAE Biochimie 2012 4 101 Arbre phylogénétique 27 Feb 2012 20:19 quentlude Biochimie 2012 11 451 Arbres phylogénétiques 23 Feb 2012 22:27 quentlude Biochimie 2012 5 134 Curation (GOS_2883010.51) 12 Dec 2011 17:47 cerises BioCell2011 6 139 problème 8 Dec 2011 11:51 rovivi BioCell2011 2 74 Soucis lineage report 27 Oct 2011 11:44 Alirion BioCell2011 3 153 problème outil id2fasta 7 May 2011 1:28 reneejenni Biochimie 2011 2 5 Définir le plus proche parent de mon ORF 7 Apr 2011 10:43 matir Biochimie 2011 1 9 Construire l'arbre phylogénique ! 6 Apr 2011 19:51 matir Biochimie 2011 3 22 Construire un arbre ! 17 Mar 2011 18:30 gp2PESENTI Biochimie 2011 2 16 Unknown task status! (error) 3 Mar 2011 10:41 reneejenni Biochimie 2011 2 32 choix de groupe d'étude lorsqu'on a des séquences homologues métagénomiques 2 Mar 2011 14:13 MARFE Biochimie 2011 5 125 Surprise lors de l'arbre phylogénétique 1 Mar 2011 8:30 reneeonana Biochimie 2011 8 134 choix de groupe d'étude 22 Feb 2011 14:12 BrothTeam Biochimie 2011 2 36 Phylogénie de référence sur NCBI 17 Feb 2011 23:02 samiahafsoi Biochimie 2011 6 161 Arbre phylogénétique 17 Feb 2011 16:17 omarissem Biochimie 2011 2 43 groupe exrerieur 17 Feb 2011 16:02 samiahafsoi Biochimie 2011 4 96 arbre phylogenetique 15 Feb 2011 8:48 BrothTeam Biochimie 2011 2 43 Tree Rendering 14 Feb 2011 11:38 BrothTeam Biochimie 2011 7 238 Choix des groupes 14 Feb 2011 1:02 BrothTeam Biochimie 2011 2 48 Détail des étapes? 17 Dec 2010 9:58 FannyFlo BioCell2010 2 33 Scores homologues du groupe extérieur 12 Dec 2010 15:35 AG-GC BioCell2010 3 82 Congruence des arbres 11 Dec 2010 17:53 FannyFlo BioCell2010 4 126 Arbre - relations de parentés 10 Dec 2010 12:14 chlolulu BioCell2010 2 51 arbre 10 Dec 2010 11:06 Setis BioCell2010 2 52 Groupe D'étude 27 Apr 2010 21:57 marineoral Biochimie 2010 4 36 interprétation des arbres 26 Apr 2010 16:46 eloow Biochimie 2010 2 21 Problème avec Phylogeny.fr 24 Apr 2010 17:27 Orallea Biochimie 2010 2 24 Recherche groupe d\'étude groupe extérieur 24 Apr 2010 14:59 luminien Biochimie 2010 2 19 interprétation de l'arbre 20 Apr 2010 22:20 luminien Biochimie 2010 4 68 étude des arbres 19 Apr 2010 19:31 oralma Biochimie 2010 2 26 arbres non conformes à la phylogénie de référence, difficiles à interpreter 14 Apr 2010 17:09 oralblandine Biochimie 2010 2 26 problème interprétation arbres 12 Apr 2010 21:28 oralbre Biochimie 2010 2 21 4homologues 8 Apr 2010 16:09 ameliane Biochimie 2010 6 241 Problème dans l'interprétation de l'arbre obtenu 8 Apr 2010 15:31 oralblandine Biochimie 2010 2 31 interprétation de mes arbres 8 Apr 2010 0:27 ameliane Biochimie 2010 3 51 Divergence entre phylogénie établie et arbre obtenu par phylogeny.fr 24 Mar 2010 15:28 MSdu83 Biochimie 2010 3 102 Analyse phylogénétique 5 Mar 2010 16:56 leaman Biochimie 2010 3 114 format 14 Dec 2009 15:13 clem_va BioCell2009 2 28 arbre mal raciné 12 Dec 2009 22:56 farahetsalah BioCell2009 1 12 arbre 12 Dec 2009 22:44 farahetsalah BioCell2009 2 20 arbre phylogénétique 11 Dec 2009 15:04 sonia2hayiri BioCell2009 4 88 problème d'interprétation d'arbre phylogénétique 11 Dec 2009 13:22 sonia2hayiri BioCell2009 1 9 Mélange des 2 groupes 9 Dec 2009 15:39 farahetsalah BioCell2009 2 22 arbre phylogenetique 7 Dec 2009 16:39 farahetsalah BioCell2009 1 14 Despoir pour obtenir l'arbre phylogénétique 3 Dec 2009 18:53 ma-cha BioCell2009 1 16 arbre en désordre 29 Nov 2009 13:32 famar BioCell2009 4 56 incohérence de l'alignement multiple et de l'arbre. 27 Nov 2009 7:23 NAME BioCell2009 1 11 Proteo groupe d'etude et autre bacteries exterieur 26 Nov 2009 15:58 NAME BioCell2009 3 42 Mélange du groupe d'étude et du groupe extérieur 23 Nov 2009 15:01 fabisa BioCell2009 2 27 Mélange des 2 groupes 15 May 2009 17:15 lbfm Biochimie 2009 2 7 choiw groupe étude et extérieur 9 May 2009 19:47 louss_riquet Biochimie 2009 2 13 bootstrap 26 Apr 2009 21:34 sweet Biochimie 2009 1 14 groupe extérieur 26 Apr 2009 19:01 sweet Biochimie 2009 2 27 groupe extérieur et d\'étude 21 Apr 2009 16:18 Adrien2 Biochimie 2009 2 33 Problème d'analyse d'arbre 15 Apr 2009 16:30 CALAMARS Biochimie 2009 2 28 ARBRE 7 Apr 2009 16:59 CALAMARS Biochimie 2009 2 33 identification des classe des organismes 3 Apr 2009 16:23 saidaloui Biochimie 2009 1 21 comment faire l'arbre? 19 Dec 2008 14:17 dama BioCell2008 6 100 Problème interprétation arbre 18 Dec 2008 16:44 Emiso BioCell2008 4 70 Choix du groupe extérieur 17 Dec 2008 23:01 meline BioCell2008 2 26 choix du groupe d'étude 17 Dec 2008 20:21 marmoh BioCell2008 5 64 séquence environnementale marginale ? 17 Dec 2008 17:23 dama BioCell2008 4 55 Problème groupe extérieur 17 Dec 2008 16:01 casan BioCell2008 4 39 Arbres Intermédiaires 16 Dec 2008 19:08 Walidassiba BioCell2008 3 55 Arbre bazar! 16 Dec 2008 17:40 teamide BioCell2008 3 61 problème sur phylogeny.fr 15 Dec 2008 18:14 opale BioCell2008 8 95 difficulté à interpréter 14 Dec 2008 21:31 ci_co BioCell2008 3 45 Pour Mme Brochier 14 Dec 2008 17:51 magorne BioCell2008 2 28 arbre 14 Dec 2008 16:20 dama BioCell2008 2 18 Arbre 14 Dec 2008 10:30 Lilou BioCell2008 2 30 Correction 2, à l'attention de Mme Brochier 12 Dec 2008 10:56 ci_co BioCell2008 2 32 arbres tous différents ! 12 Dec 2008 10:44 ci_co BioCell2008 1 9 arbres tous différents ! 7 Dec 2008 22:24 Walidassiba BioCell2008 2 24 Groupe exterieur? 6 Dec 2008 12:19 magorne BioCell2008 20 334 groupe extérieur 5 Dec 2008 15:55 Hingamp_BC08 BioCell2008 4 65 Explorer des arbres très rapidement 5 Dec 2008 13:00 eniyro BioCell2008 5 57 les protéines universelles = la galère 4 Dec 2008 22:19 teamide BioCell2008 2 25 problème d'interprétation 3 Dec 2008 17:03 Dj-neiluj BioCell2008 1 17 Définition du groupe d'étude et du groupe extérieur 3 Dec 2008 15:20 Lilou BioCell2008 8 111 Conversion Newick/NH -> arbre en texte 29 Nov 2008 15:41 magorne BioCell2008 2 39 groupe exterieur 25 Nov 2008 18:24 mamagaga BioCell2008 2 40 problème d'arbre 23 Nov 2008 13:30 magorne BioCell2008 2 43 recherche de GE et Gext 22 Nov 2008 17:54 bioinfodj BioCell2008 2 54 probleme arbre phylogenetique 20 Nov 2008 15:06 marmoh BioCell2008 3 65 reSOS 20 Nov 2008 14:01 marmoh BioCell2008 2 55 SOS 17 Apr 2008 9:05 BNPA Biochimie 2008 2 20 arbre 15 Apr 2008 14:24 bloublou Biochimie 2008 3 46 problème d'interprétation 11 Apr 2008 2:26 noura Biochimie 2008 2 23 Arbre non raciné 2 Dec 2007 19:44 TAMT BioCell 2007 2 34 Uncultured marine bacteria??? 2 Dec 2007 13:09 AlbatarMazmaz BioCell 2007 2 42 Choix des homologues. 1 Dec 2007 20:48 luluemmy BioCell 2007 4 96 arbres Protpars différents de l'arbre NJ 1 Dec 2007 13:33 AlbatarMazmaz BioCell 2007 2 41 Sémentique d'un mot. 1 Dec 2007 11:18 luluemmy BioCell 2007 2 52 alignement multiple et arbre 30 Nov 2007 20:28 mavio BioCell 2007 2 33 groupe externe 29 Nov 2007 20:21 milou BioCell 2007 2 41 groupe exterieur 29 Nov 2007 12:43 milou BioCell 2007 3 65 groupe exterieur 27 Nov 2007 16:20 laurelimate BioCell 2007 2 44 Correction et groupe extérieur 27 Nov 2007 15:17 luluemmy BioCell 2007 2 50 Groupe extérieur 25 Nov 2007 14:17 mavio BioCell 2007 2 48 Groupe exterieur ou pas? 20 Nov 2007 16:59 TAMT BioCell 2007 4 120 Pitite question au sujet des arbres... 13 Nov 2007 18:59 Brochier_BC07 BioCell 2007 1 33 Sites web utiles pour la taxonomie 13 Nov 2007 18:33 josh BioCell 2007 2 56 Definir le groupe extérieur 13 Nov 2007 17:49 milou BioCell 2007 4 143 choix des groupes d'etudes et exterieurs 13 Nov 2007 9:04 cqfpf BioCell 2007 2 33 Plus de proximité avec le groupe extérieur. 9 Nov 2007 20:04 Brochier_BC07 BioCell 2007 1 25 Analyse phylogénétique des séquences obtenues à partir de la banque environnementale 13 Apr 2007 15:10 aurore Biochimie 2007 2 31 determination orthologue/paralogue 13 Apr 2007 8:20 giraudaguerre Biochimie 2007 2 27 Arbres 12 Apr 2007 17:15 madixu Biochimie 2007 2 24 CHOIX DU GROUPE D'ETUDE 12 Apr 2007 11:03 giraudaguerre Biochimie 2007 2 26 problémes concernant l'analyse des arbres 11 Apr 2007 13:31 aurore Biochimie 2007 2 36 determination orthologues paralogues (bis) 10 Apr 2007 14:19 asergean Biochimie 2007 4 52 groupe d'étude 9 Apr 2007 15:54 aurore Biochimie 2007 2 39 PROBLEMES POUR CHOISIR LES ORTHOLOGUES ET LES PARALOGUES 24 Mar 2007 20:57 vleonet1 Biochimie 2007 3 53 problème d'arbre 24 Mar 2007 0:06 vleonet1 Biochimie 2007 2 32 Groupe d'étude / Groupe extérieur 23 Mar 2007 13:59 tyler Biochimie 2007 2 52 détermination des paralogues/orthologues/xénologues 23 Mar 2007 11:06 madixu Biochimie 2007 8 130 Choix du groupe extérieur 23 Mar 2007 10:17 mtadjdet Biochimie 2007 2 39 groupe d'étude et groupe exterieur (cas d'un arbre raciné!) 21 Mar 2007 12:55 stefcec Biochimie 2007 2 31 Toutes les séquences homologues proviennent d'organismes inconnus (séquences métagénomiques) 21 Mar 2007 12:00 aurore Biochimie 2007 2 32 Quelle séquence correspondant à notre ORF doit-on inclure dans l'arbre? 16 Mar 2007 17:41 Hingamp_B07 Biochimie 2007 1 24 Nouveautés pour l'alignement multiple et la phylogénie (www.phylogeny.fr)