Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: Choix des homologues.

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Choix des homologues.
AlbatarMazmaz
2 Dec 2007 13:09
Contribution non évaluée
Vous nous dites à la première correction:

-phylogénie:taxonomie:Les noms de groupes ajoutés dans l’arbre ne sont pas pertinents (bacteria, enterobacteria…)
-blast:taxonomie:Refaire un BLAST en augmentant le nombre de hits à afficher de 100 à 250, voire 500 ou plus, afin de cerner correctement le paysage des homologues

Le problème c'est que dans notre taxonomie repport on a que des bactéries en tout genre et des eucaryotes donc nous ne pouvons pas être plus pertinants. On a donc choisis que des bactéries et nous avons fait un arbre non raciné pour trouvé un sous-groupe le plus proche est-ce suffisant?
Avec un blastp sur nr avec 10 000réponses on obtient toujours pas d'e-value superieures à e-20. C'est pourquoi nous avons fait un blastp sur swissprot à 500 réponses sur conseille d'un prof à la dernière scéance. Or je vois qu'on me demande d'en refaire un avec 500 réponses, c'est une erreur de votre part non?
Brochier_BC07
2 Dec 2007 14:04
Maître de jeu
Le commentaire souligne le fait que les noms qui figurent dans votre arbre ne sont pas homogènes du point de vue taxonomique:
- Les entero sont des gamma-protéobactéries, mais aussi des bactéries.
- Les bacteria ? oui mais quel groupe.
Vous devez faire figurer dans les arbres les noms de groupes les plus pertinents et pas automatiquement ceux fournis [] dans le taxonomie report...
On vous a dit plusieurs fois en TD de consulter SYSTEMATIQUEMENT sur les fiches des séquences que vous voulez inclure dans vos analyses et de choisir l'affiliation taxonomique pertinente vis à vis du niveau taxonomique auquel vous vous situez.
Céline Brochier