Bonjour,
Mon plus grand ORF s'etend de la base 480 à 914 il est incomplet en 3' et 5' mais quand je fais une recherche de ATG il trouve une methionine en 492 . J'aimerai savoir si je dois modifié mon debut de séquence.

Bonjour,

Tout d'abord, n'oubliez pas que l'ATG n'est pas le seul codon d'initiation possible.
Il existe des codon d'initiation alternatifs, mois courant que l'ATG pour ce que l'on sait actuellement, mais néanmoins existant.

Dans votre cas. que va-t il se passer si:
vous prenez la séquence entière (480-...) et que le ATG est le bon codon d'initiation?
vous prenez la séquence entière et que le ATG n'est pas le bon codon d'initiation?
vous prenez la séquence à partir de la position 492, et le ATG est le bon codon d'initiation?
vous prenez la séquence à partir de la position 492 et le ATG n'est pas le bon codon d'initiation?

Par ailleurs, comment pouvez vous confirmer ou infirmer la position du bon codon d'initiation?


Une fois que vous aurez répondu à toutes ces questions (pas sur le forum, je vous les pose pour que vous réfléchissiez) vous devriez avoir une idée plus précise de comment travailler.

Dans tout les cas, pour l'alignement multiple et la construction des arbres, vous devez utiliser la séquence à partir de son codon d'initiation.



Bonne réflexion et n'hésitez pas à redemander en cas de doute.

C. Petitjean

Ne faudrait t'il pas vérifier par un blastp que la partie de séquence se situant en aval du supposé codon d'initiation est codante?

Bonjour,

Je pense que vous n'avez pas besoin de moi pour répondre à cette question!
NCBI est en utilisation illimité!

Bons blasts.

C. Petitjean