Bonjour, suite à notre recherche d\'ORF en utilisant \'any codon\', nous avons obtenons l\'ORF le plus long sur le brin reverse, cadre 3 (>ORF number 1 in reading frame 3 on the reverse strand extends from base 279 to base 860). Or celui-ci est incomplet en 5\' et en 3\' et ne possède ni domaines protéiques conservés ni homologues suite à l\'analyse du Blast.
En revanche, en faisant une recherche avec \'codons alternatifs\' sur ce même brin reverse, nous obtenons un ORF plus long (>ORF number 1 in reading frame 3 on the reverse strand extends from base 291 to base 860)qui est cette fois complet en 5\' (commence par une méthionine), et qui a donc plus de sens d\'un point de vue biologique.
Mais nous ne savons pas vraiment lequel de ces 2 ORFs choisir pour la suite de notre analyse.
Nous opterions plus pour le second étant donné qu\'il possède un codon start, qu\'en pensez-vous ?

Merci de nous éclairer sur ce point.

Bonsoir,

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louss_riquet         Biochimie 2009         4 57         pas de domaine conservé

Bon courage,

Céline Brochier