Bonjour, 

Dans cette séquence, on peut avoir que l'ORF2 se termine par un codon STOP et que l'ORF3 ne commence pas par un codon START mais directement pour une tyrosine. 

Je l'ai mis comme ORF NOVEL vu qu'il fait quand même 183 nt et qu'il y a un homologue, mais je trouve cela étrange.
Est-ce possible qu'il y ait une erreur vu qu'on le peut pas avoir de codon START en amont de ORF3? 

Merci à vous, bonne soirée. 

Bonjour Agathe,

Vos observations sont bonnes. La question est si ces observations sont dues à une erreur, ou finalement tout est logique.

Je liste ici une série d’informations importantes qui devraient vous aider.

-   La Figure 1 aide beaucoup. On peut voir que l’ORF 3 est à la fin de la séquence (la fin de brin indirecte).  À votre avis, le 3’ de l’ORF est complet ou pas ?
-    La partie de l’ORF3 qu’on a est assez courte. Ceci explique bien que les hits de BLAST ont des E-valeurs assez élevées.

-    Si vous affichez les hits de BLAST avec des Evaleurs >1e-10, on peut voir qu’il y a encore beaucoup des hits.
-    Les alignements (de BLAST) sont courts, mais les %identité sont élevées.
-    Les alignements commencent vers la position 25 de l’ORF3

Je vous laisse de mettre toutes ces observations ensemble. Quelle est votre interprétation ?
Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour, 

Merci pour votre réponse réactive, 

Le 3' de l'ORF3 n'est pas complet, il n'a pas de codons STOP et le 5' de ce même ORF n'a pas de START.

Mon interprétation est que l'ORF3 est la continuité de l'ORF2, il y a eu une erreur de séquençage. Est-ce possible? 

Bonne journée à vous. 

Bonjour Agathe,

J'ai eu le cas avec un ORF qui était ouvert en 3' et en 5'. Ce n'est pas très grave tant que tu as une séquence suffisamment longue pour faire tes analyses. Vérifie de ton côté si tes deux ORF ne sont pas dans des cadres de lecture différents ce qui expliquerait ce que tu observes.

Pour info, mon ORF s'est avéré fermé en 5', l'alignement m'a permis de trouver une méthionine super bien conservée.

Bon courage !

Bonjour Agathe,

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J'ai eu le cas avec un ORF qui était ouvert en 3' et en 5'. Ce n'est pas très grave tant que tu as une séquence suffisamment longue pour faire tes analyses. Vérifie de ton côté si tes deux ORF ne sont pas dans des cadres de lecture différents ce qui expliquerait ce que tu observes.

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Pour info, mon ORF s'est avéré fermé en 5', l'alignement m'a permis de trouver une méthionine super bien conservée.

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Bon courage !

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Bonjour Robin, 

Justement c'est ce que je me suis dite au départ, mais les 2 ORF sont dans le même cadre de lecture. Du coup j'ai trouvé ça très étrange. 

Je ne sais pas si c'est une erreur de séquence ou bien autre chose. 

Bon courage à toi aussi. 

Bonjour,

Je suis d’accord avec Robin, si l’ORF n’est pas complet ça ne pose pas de problème, s’il est assez long pour avoir suffisamment d’information. La localisation de codon d’initiation sur base des alignements est très bien aussi.

Le problème d’Agathe est différent, si j’ai bien compris. Elle trouve bizarre qu’il y a un ORF codant mais assez court, qui suit immédiatement d’un autre ORF (dans le même cadre de lecture), et ne commence pas par une Méthionine.
Agathe suspecte une erreur de séquençage qui a produit un codon-stop non existant. C’est bien votre idée, Agathe ?

Faites des BLASTp avec les traductions de l’ORF2 et ORF3. Ne modifiez pas de seuil d’Evaleur (0 ,05 ), pour pouvoir regarder des hits moins bons aussi.

Regardez :
-    l’annotations fonctionnelles des homologues des deux ORF. Sont-elles similaires ? Si non, il s’agit bien des ORFs de deux gènes différents, ce n’est pas une erreur.
-    Où commencent ou terminent les homologues, par rapport aux deux ORF. Ceci vous aide à conclure sur le début/fin des ORF.

Bon travail,
Emese Meglecz