Salut Sarah,
Vérifie que ça ne soit pas parce que tu as rentré les 3 derniers nucléotides de tes séquences. Il faut soustraire ces nucléotides lorsque tu entres la longueur d'une séquence complète en 3', car ces derniers nucléotides codent un STOP. Annotathon traduit ta séquence et voit qu'il y a un STOP à la fin de ta protéine, d'où l'avertissement.
Il me semble que la recherche d'ORFs ne devrait pas te retourner de séquence avec un STOP ailleurs qu'à la fin.