Bonjour est ce que les résultats Interpro doivent être répertoriés dans la partie analyse ou résultats bruts?

ET est ce que les résultats sur interpro sont significatifs pour le choix de notre orf d'étude ?

J'ai des résultats sur ncbi avec mes 3 séquences potentiellement codantes mais si j'utilise interpro je devrais oublier mon orf le plus long...

En sachant que lorsque je remplie la partie orf avec les positions de l'orf 3 j'ai une erreur alors qu'ave l'orf6  il n'y en a pas.

Cordialement, Hope.

Bonjour Hope,

Il faut choisir un seul ORF et l’analyser jusqu’au bout.

Si vous hésitez entre des ORFs connus, en effet, interpro vous aider de faire votre choix, mais ce n’est pas le critère le plus important. L’ORF de votre choix devrait avoir suffisamment d’homologues, les homologues les plus proches devraient avoir <95% identité et l’ORF devrait être assez long pour que l’arbre phylogénétique puisse être basé sur au moins une centaine des résidus (après l’étape de curation de l’alignement multiple).

Vous pouvez mettre des liens vers les fiches intrepro dans vos analyses, sans copier les informations dans les résultats bruts.

« En sachant que lorsque je remplie la partie orf avec les positions de l'orf 3 j'ai une erreur alors qu'ave l'orf6  il n'y en a pas. »
Je suppose que c’est un msg d’avertissement qui dit que l’ORF ne commence pas par une méthionine. Ce n’est pas un problème. Voir postes précédents sur le forum.

Cordialement,
Emese Meglécz