Bonjour,

j'ai des resultat diffrents sur orf finder de sms et ncbi, j'ai systematiquement + d'orf détécté sur ncbi,

j'utilise pourtant les les mêmes parametres,(détéction 60pour sms et 75 pour ncbi, base de donnée 11 bactéries, n'importe quel codon d'initiation)

l'dée c'est d'utilisé les tableau de ncbi pour le protocole d'analyse

cela pose t-il un probléme si il y a quelques OFR en + su le tableau en comparaison avec les resultat brut d'orf finder SMS?

merci

Est-ce que tu n'aurais pas laissé par hasard la taille minimale sur NCBI en nucléotides ? Il faut mettre 150 nt au lieu de 75 nt, ce qui donne en réalité 50 AA. Tu trouveras donc potentiellement davantage d'ORF avec NCBI qu'avec SMS, mais nettement moins qu'avec tes réglages actuels, et tu peux dire dans ton analyse que tu ne tiens pas compte de ceux à moins de 60 AA.

(P.S. pour ta séquence, c'est vrai que je trouve beaucoup d'ORF entre 50 et 60 AA, c'est pas de chance car pour les miennes ce n'était pas du tout le cas. Vu que tu n'as que 2 ORFs en dessus de ça, si j'étais à ta place je resterais uniquement avec SMS...)

Hello,

je n'avais pas remarqué ces differences d'unités, mais j'ai déjà joué avec ces variantes ca change pas que l'on as pas le meme nombre de resultats,

j'ai testé également de chocher la case "Ignore nested ORFs" même constat,

maintenant la question c'est si on peut utilée ce tableau pour illustrée nos analyses meme si il comporte des resultats supplementaire ou si il faut éditer un diagramme point par point avec word pour que cela soit exact a 100%?

j'ai travaillé plus en profondeur sur 3 OFR pour ces 3 éléments c'est la même chose, j'ai déjà fais les diagrammes via word pour ceux la, la question c'est pour les autres.

par ce que au delà du gain de temps niveau mise a l'echelle le diagramme de ncbi est beaucoup plus interessant

Bonjour Alex,

Il y a deux différences essentielles entre SMS ORFinder et NCBI OFRFinder.

1.    Sur NCBI vous pouvez sélectionner d’afficher des ORF > 150 nucléotides ce qui revient à 50 aa. Ceci va vous afficher des ORFs entre 50 et 60 a qui n’apparaissent pas dans SMS ORFinder, si vous faites le réglage comme demandé (min60 aa). Ce n’est pas gênant d’avoir quelques ORF de trop sur le graphique. Dites-le clairement qu’elles sont les ORFs supplémentaires (entre 50 et 60 aa) dont il ne faut pas tenir compte.

2.    Dans le tableau de NCBI ORF finder, les positions sont affichées par rapport au brin direct, même si l’ORF est sur le brin indirect. Il faut donc corriger les positions des ORFs sur le brin indirecte : longueur de la séquence – position (de début ou la fin) donnée par NCBI + 1

Bon travail,
Emese Meglecz

D'accord merci beaucoup, bonne soirée