Bonjour encore, 

J'ai un ORF codant avec 5000 homologues dont la protéine a une identité de 100% donc je l'écarte mais j'ai aussi un ORF codant avec 3889 homologues dont 3 homologues >90% d'identité mais il s'agit de protéines hypoyhétique,s le taux descend ensuite à 50%, est ce que je peux garder cette séquence ? 

Merci pour votre retour.

Agnès

Coucou Agnes, je suis moi aussi étudiante et j'ai cru comprendre qu'il ne fallait pas prendre de protéines hypothétiques non plus. Attends de voir la réponse de Mme Meglecz au cas où mais si cela peut t'aider à avancer regarde quand même si tu trouves pas d'autres séquences. 

Bon courgage à toi ! 

Candice 

Rebonjour Agnès et Candice,

En effet l’ORF avec des homologues trop proches (100%) est à écarter.

Pour l’autre ORF, j’aurais aimé voir le résultat de BLAST, mais à priori, ça ne sera pas facile à travailler avec cette ORF.
Si parmi des hits plus éloignés (50% identité) vous avez des séquences annotées avec les fonctions connues, on pourra faire une exception à la règle de 90% et ignorer les 3 homologues trop proches, mais mal annotés. Néanmoins, sachant que la majorité des séquences sont très distantes (<50% Identité), je parie que l’alignement multiple entre des homologues et la construction de l’arbre phylogénétique sera compliqué.

Je suggère de garder cette séquence en réserve. Si vous ne trouvez pas mieux, vous pouvez tenter à analyser la deuxième ORF, mais ça vaut vraiment la peine d’essayer de chercher une autre qui sera plus facile à analyser.

Bon courage,
Emese Meglecz

Bonsoir Emese, 

J'ai réalisé le BLAST effectivement, mais je ne trouve pas d'incohérences, pensez-vous que je peux continuer avec cet ORF ? Je lancerai une autre séquence sinon. 

Merci pour votre retour.

Agnès

Bonjour Agnès,

Oui, techniquement vous pouvez continuer avec cette séquence, mais vous risquez d’avoir de sérieuses difficultés aux étapes suivantes. Donc, je ne pense pas que ça soit une bonne idée, mais c’est votre choix.

Bon travail,
Emese Meglecz