Bonjour, 

 

J'ai dans ma séquence deux ORF codants qui se chevauchent légèrement ayant chacun plus de 3000 et 5000 homologues mais je n'ai pas de codon START pour aucun des deux, est-ce que cela invalide cette séquence pour l'exercice ? 

Merci pour votre retour.

Cordialement, 

Agnès

 

Bonjour Agnès,

Il me semble que tu n'est pas obligé d'avoir un ORF commençant par une méthionine. Tu verras dans la suite des vidéo elle explique ce qu'il faudra que tu fasses dans ce cas. Et là je ne suis pas sûr à 100% mais si ca ne se chevauche que de quelques bases ça peut marcher.

Bonne journée

Bonjour Agnès, est ce que les deux ORF sont dans le même cadre de lecture ? 

Bonne fin de semaine !

Candice 

Bonjour à tous,

Les deux ORF se chevauchent que sur 10 nucléotides. C’est très peu. En plus, comme vous avez constaté l’ORF3 ne commence pas par une Méthionine. Ceci est le résultat du paramétrage ‘Any Codon’ d’ORF Finder, qui dans ce cas repère des fragments des séquences encadrés par des codons STOP ou par les extrémités de la séquence.  Il est donc fort probable que l’ORF3 ne commence pas à la position 935, mais plus un peu plus tard. Le chevauchement réel est probablement encore plus petit, voir non existant entre ces deux ORF. Pas de problème donc, cette séquence n’est pas « invalidée ».

Merci pour la réponse d’Eléonore. En effet la vidéo https://amupod.univ-amu.fr/video/2517-supplement-sur-les-orfs/ traite la question de vrai début des ORF, donc elle est bien pertinente.

Petit commentaire pour Candice : Entre deux ORFs codants on ne peut pas avoir un chevauchement important, même s’ils sont dans les cadres différents, ou sur les brins différents.

Bon travail,
Emese Meglecz

Merci beaucoup pour votre réactivité et vos réponses à toutes, j'ai depuis vu les vidéos en question je suis désolée pour cette question redondante du coup ! 

merci 

 

bonne soirée

Agnès

Merci beaucoup pour votre réponse !

Bonne soirée, 

Candice