-------------------------------------------------------------------------------------------------PROTOCOLE : ---------------------------------------------------------------------------------------------------
ORFinder https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/ min 150 nt / initiation 'ATG' / code génétique 'universel'
Pour analyser notre séquence, nous utilisons le site OFR Finder trouvé sur le site NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder).
Notre recherche s'est basée sur les paramètres par défauts qui correspondent à une recherche sur 4 cadres de lectures, en considérant les codons quelques soit leur sens et le code génétique sélectionné est standard. Nous avons modifié le nombre de nucléotides considérés. Nous avons sélectionné un minimum de 150 nucléotides.
-----------------------------------------------------------------------------------------------RESULTATS BRUTS : -------------------------------------------------------------------------------------------
Tableau représentant la description des CDS analysés par ORF Finder
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Nom
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Brin
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Cadre de lecture
|
Codon d’initiation
|
Codon STOP
|
Longueur du CDS (en nucléotides)
|
Longueur du CDS (en acides aminées)
|
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ORF4
|
Indirect
|
3
|
730
|
>2
|
729
|
242
|
|
ORF1
|
Direct
|
2
|
221
|
901
|
681
|
226
|
|
ORF2
|
Direct
|
3
|
348
|
647
|
300
|
99
|
|
ORF3
|
Indirect
|
2
|
899
|
720
|
180
|
59
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---------------------------------------------------------------------------------ANALYSE DES RESULTATS : ----------------------------------------------------------------------------------------------
Avec la séquence Coastal : Galapagos Islands : Ecuador : Devil's Crown, Floreana Island,et grâce à ORF finder, nous obtenons 4 ORF les plus probables.
Le plus long ORF se situe sur le brin indirect (-) avec un cadre de lecture 3. Cet ORF débute au 730 nt avec un codon initiateur et le codon STOP se termine après le nucléotide numéro 2. Mais il n’est pas affiché sur l’ORF, ce qui signifie que la séquence est trop petite et incomplète. Donc la phase codante va être tronquée en 3’. La séquence codante a une longueur de 243 aa et 729 nucléotides.
L’ORF 1 se situe sur le brin direct (+) et se lit sur le cadre de lecture 2. Cet ORF débute avec un codon initiateur au 221 eme nt et se termine avec un codon STOP au 901 nt.La séquence codante est composée de 227 aa et comporte 681 nucléotides.
L’ORF 2 se situe aussi sur le brin direct (+) et se lit sur le cadre de lecture 3. Cet ORF débute au 348ème nt et son codon STOP se termine en position 647. La séquence codante a une longueur de 300 nt et est composé de 100 aa.
Enfin l’ORF 3 se situe sur le brin indirect (-) et se lit sur le cadre de lecture 2. La séquence codante débute avec un codon initiateur en 899 ème position et se termine en position 720 avec un codon STOP. Cette séquence a une longueur de 60 aa et est composé de 180 nt.
D’après les indications d’Annotathon, il ne faut pas forcément que l’ORF contienne de codon STOP, mais il faut qu’il contienne au moins 60 codons, qu’il soit situé sur un brin direct ou indirect, se lisant sur un cadre de lecture 1,2 ou 3 et qui peut être complet ou non en 5’ comme en 3’. Comme " l'ORF 4 " est le plus grand, on suppose que la probabilité qu'il soit codant est plus élevée. Donc pour la suite des recherches nous choisissons l’ORF 4 qui a une longueur de 243 aa, se lit sur le brin indirect (-) et sur le cadre de lecture 3 et il est incomplet en 3’ puisque le codon STOP se situe après le nucléotide 2.