Salut tout le monde,

J'ai une question concernant le tableau d'illustration que l'on peut joindre dans l'analyse de la recherche d'ORFs. Faut-il mettre tous les ORFs prédit par le programme (ORF finder et tout paramètres confondus) ou uniquement ceux trouver par une méthode précise, par exemple ceux trouvés en utilisant xtg au lieu des any codon.

Si je vous pose cette question c'est que si je met tous les ORFs prédit, mon ORF le plus long (trouvé en any codon) n'est plus le même que celui trouvé en xtg.

Si vous allez voir mon tableau n°1, vous trouverez tous les ORFs prédit. Sachant que l'ORF 2.1 à été trouvé en any codon et le 2.2 à été trouvé (et c'est le seul prédit) en utilisant la méthode xtg.

Merci d'avance :)

Il faut que tu fasses figurer dans ton tableau ton analyse XTG , concernant le fait que ton ORF le plus long n'est plus le même , explique le dans les commentaires du tableau.

J'espere avoir été clair.

Cordialement

Bonjour,

Pour les méthodes, il faudrait faire figurer toutes celles que tu a utilisé donc copie et colle le résultat trouvé avec any codon et ensuite celui trouvé avec xtg en expliquant pourquoi tu as refais une autre méthode. Par ailleurs, nous avons décidé de prendre l'ORF le plus long donc si tu refais ton analyse avec xtg , il faudra prendre le plus long ORF trouvé avec xtg. Sachant que dans mon cas, j'avais le plus long orf sur le brin direct puis avec xtg mon orf le plus long se trouvait sur le brin reverse. La prof m'a donc demandé de soit choisir l'ORF le plus long trouvé au final (donc Xtg) soit le plus long trouvé selon any codon, mais comme j'avais refais avec xtg, c'était plus logique de prendre le plus long avec xtg.

Bon courage

Bonjour,

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Pour les méthodes, il faudrait faire figurer toutes celles que tu a utilisé(dans les resultats bruts) donc copie et colle le résultat trouvé avec any codon et ensuite celui trouvé avec xtg en expliquant pourquoi tu as refais une autre méthode. Par ailleurs, nous avons décidé de prendre l'ORF le plus long donc si tu refais ton analyse avec xtg , il faudra prendre le plus long ORF trouvé avec xtg. Sachant que dans mon cas, j'avais le plus long orf sur le brin direct puis avec xtg mon orf le plus long se trouvait sur le brin reverse. La prof m'a donc demandé de soit choisir l'ORF le plus long trouvé au final (donc Xtg) soit le plus long trouvé selon any codon, mais comme j'avais refais avec xtg, c'était plus logique de prendre le plus long avec xtg.

Par contre, pour le tableau j'ai fais figurer que les ORF trouvé avec la méthodes xtg.

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Bon courage

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