Un petit message telle une bouteille à la mer...

Il est écrit noir sur blanc dans la FAQ que le seul critère de choix
d'ORF était ARBITRAIREMENT le plus long (pour des ORFs supérieur à 60 codons bien sur!)!!
Or, une réflexion de notre correcteur est la suivante:
-conclusion:ORF:Absence d'analyse des résultats (nb d'ORF putatifs,
incomplet en 5'/3'?, CHOIX DE L'ORF)-

Alors que nous avions bien indiqué le nombre d'ORF putatifs, que cette séquence semblait tronquée en 3' et
que le critère de choix de l'ORF était la plus longue...

Que voulez-vous de plus????
:-/

Merci de votre réponse!!

Je viens de regarder le commentaire auquel vous faites allusion et je profite de l'occasion pour souligner l'erreur que vous faites et qu'un certain nombre d'entre-vous faites.
Vous dites: "Cet enchaînement d'acides aminés ne commence pas par une méthionine et l'extrêmité 3' de cette séquence semble tronquée puisque elle ne contient pas de codon STOP."
Or vous faites la recherche d'ORF avec any codon. C'est-à-dire que vous acceptez n'importe quel codon comme codon d'initiation.

Le fait que votre ORF ne commence pas par une méthionine en 5' est donc attendu. Pouvez-vous pour autant en conclure que votre ORF esr non codante?

1/ On vous a sensibilisé en cours sur le fait que le codon d'initiation peut ne pas être une méthionine en particulier chez les bactéries. Avez-vous contrôlé ce point?

2/ Si votre ORF commence (suite à une recherche avec any codon) à un nucléotide occupant une position N, non situées en début de fragment (cad pas le nucléotide 1, 2 ou 3).
Cela implique que les 3 nucléotides précédants (N-3, N-2 et N-1) sont un codon stop.
Dans ce cas là dire que votre ORF est incomplet est probablement une erreur, car le start ne peut pas être située avant la position N.
pour mettre en évidence le bon start, il faut regarder les alignements locaux obtenus avec blast et l'alignement multiple et corréler le tout avec une recherche d'ORF acceptant des codons d'initiations alternatifs.

Je pense que dans le commentaire générique qui a été coché, c'est le point où vous concluez que l'ORF est incomplet est 5' qui vous concerne particulièrement. Non pas parce que vous n'en avez pas parlé, mais par ce que ce que vous concluez est probablement faux.

Céline Brochier