Bonjour,

Nous avons fini notre analyse de séquence mais nous posons la question de savoir si notre ORF est codant ou non codant. Nous avons en effet l'impression que cette séquence est non codante car nous ne trouvons aucun domaine protéique et aucun homologue valable (après blastp et alignement multiple). Cependant, la très grande longueur de l'ORF (988 paires de bases) sans codon initiateur ni codon stop nous paraît peu compatible avec une séquence non codante. Pourriez-vous nous éclairer sur ce point ?

Merci d'avance pour votre aide,

Aurélie Haag et Julie Soula

Nous avons eu le même cas que vous et nous pensons que c'est une séquence non codante, pour en déduire cela vous pouvez regarder 2 indices: est-ce qu'il y a beaucoup de zone répétées dans votre séquence? Si oui il peut s'agir d'une zone répétée de l'ADN et non d'une partie codante.
Et aussi lorsque vous calculer le poids moléculaire de l'ORF vous pouvez regarder s'il est du même ordre de grandeur que celui des protéines en général (on a trouvé l'intervalle du poids moléculaire des protéines sur internet).
Ceci plus tout ce que vous avez trouvé avant (pas de domaine, pas d'homologues) peut vous faire dire qu'il s'agit d'une séquence non codante même si on n'est jamais sûr à 100%.
Bon courage!!

Cindy pour l'équipe az-com

Merci pour ta réponse Cindy.
Malheureusement, il nous est difficile de calculer le poids moléculaire de la protéine puisque la séquence ne possède ni un codon initiateur, ni un codon STOP.
De plus, si on recherche des séquences répétées avec RepeatFinder, on en trouve aucune.

Après, c'est vrai que l'absence d'homologue et de domaines nous laisse penser à une séquence non-codante. Mais nous ne sommes pas très sures.

Merci encore,

Aurélie

Bonjour,

Nous n'avons toujours pas réussi à déterminer si notre séquence est codante ou non codante. Auriez-vous des indications à nous donner ?

Merci d'avance

Julie Soula et Aurélie Haag

Bonjour,

Si votre question concerne le fragment GOS_3066020.57, alors je ne la comprends pas puisque dans vos analyses vous dites que vous détectez quelques homologues de phages et beaucoup d'homologues dans la banque environnementale.

Bonne continuation

Céline Brochier