NikOri
24 Nov 2007 15:00
Non evaluated contribution |
Bonjour,
Je suis actuellement en train de faire ma recherche d'ORF de mon dernier lot et il s'avère que j'ai 2 ORF probables.
Un dans le sens direct : 444 pb soit 148 AA
>ORF number 1 in reading frame 2 on the direct strand extends from base 545 to base 988.
GGTAGCTTAATGTCATTAATTCGCCAACAAAACAAGGACGCCTACAGTTTAATTTTAGAA
GCAATAGATATGGGCATCTATAAACCGGGAGACCGTCTCGTAGAGAGCGACTTGGCCGAT
AGTTTTGGTGTCTCACGAACACCAATCCGTGAGGCCTTACAAAGACTTGAAACTCAATCG
CTTTTAATGAGAGACGGTAGAAGCTTGATAGTTTCTTCATTAGATCATAGTCAGATGGCT
GAACTTTATATTGTTAGAGCTGAACTTGAAGGACTTGCGGCTAATCTTGCAGCCAAGCAT
GCAACCAGCGAAGAAGTCAAAGTCCTTCAAGATATGGTGGATTCTGATCGAAAAATCATC
TCTGACCCAACTGCTTTAGCGAAATCAAACCGCCGCTTTCATAAACAAATTCACTTAGCG
TCACATAATCGATTTCTTATAAAG
>Translation of ORF number 1 in reading frame 2 on the direct strand.
GSLMSLIRQQNKDAYSLILEAIDMGIYKPGDRLVESDLADSFGVSRTPIREALQRLETQS
LLMRDGRSLIVSSLDHSQMAELYIVRAELEGLAANLAAKHATSEEVKVLQDMVDSDRKII
SDPTALAKSNRRFHKQIHLASHNRFLIK
Un dans le sens indirect : 459 pb soit 153 AA
>ORF number 1 in reading frame 1 on the reverse strand extends from base 529 to base 987.
AAATTGAAAAATTTAGCCAATATTGATTGCTGGATTTTTGATCTCGATAATACTTTATAC
CCAGTTTCAACTAATTTGTTTGCTCAAATAAAAGTCAAAATGTCTAAATATATTATGGAC
CTTTTAAAAGTTGACAAAGATGTAGCAGATAAAATGCGATACGAGTATTGGCAAGAATAT
GGAACTTCTCTTGCTGGCCTAATGAAAAATTTTGAGATTGACCCAGAACATTTTTTAGAA
ATTGTGCACGATATTGATTTTTCTGCTCTTTATAAAGATGTAAATTTATTGGATGTTTTA
AAAAAATTACCAGGAAGAAAAATCGTCTATACTAATGGGACCGCAAATTATGCTAGAAAA
GTTTTGACGCACTGTGGATTAATAGATGCATTCGACGAGATCTATGGTGTTGAAAGCGCA
AATTATATTCCGAAACCATCTCCCAAGGCCTACGAAATA
>Translation of ORF number 1 in reading frame 1 on the reverse strand.
KLKNLANIDCWIFDLDNTLYPVSTNLFAQIKVKMSKYIMDLLKVDKDVADKMRYEYWQEY
GTSLAGLMKNFEIDPEHFLEIVHDIDFSALYKDVNLLDVLKKLPGRKIVYTNGTANYARK
VLTHCGLIDAFDEIYGVESANYIPKPSPKAYEI
La logique voudrai que je travaille avec le plus long mais j'ai effectué un BlastP contre Nr des deux ORF. Il s'avère
que les résultat présentent dans les deux cas d'excellentes e-values : de 2e-68 à 8e-22 pour le brin indirect
et de 1e-54 à 9e-12 pour le brin direct. De plus, le % de similarité sont supérieure à 80% pour l'ORF directe et supérieur à 65%
pour l'ORF indirecte pour les 15 premier résultats. Je suis donc passer à un blastP contre Nr en changeant dans les deux cas
la matrice en blosum80 mais la encore, rien ne me permet de faire un choix !
Pouvez vous m'indiquer que puis-je faire ? Ou suis-je obligé de prendre en compte les 2 cas ?
Par avance Merci |