Bonjour,
Comment fait-on lorsqu\'on nous avons 2 ORF de même taille sur les brins direct et indirect ?
Est-il plus judicieux de refaire une recherche en sélectionnant les codons stop plutôt que seulement atg au lieu de any codon ?

Non si tu fais ça tu risque de "couper" ton orf, il ne faut pas oublier que c'est un fragment d'adn choisi aléatoirement.
Pour bien sélectionné ton orf je te conseil de faire un blastp et de prendre celui qui a les meilleures correspondance (si tout est noir c'est pas bon, si c'est rose voir rouge prend le).