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CODON STOP |
cheikh
29 Oct 2007 16:02
Contribution: A little confusing |
la recherche d'ORF nous a renvoyé un ORF long mais qui finit par le codon stop, est ce qu'on le prend comme même parceque
les autres ORFs obtenus sont petits et nous donne rien concernant les domaines protéines?!
est ce qu'il faut prendre compte de la E-value comme critère? |
Hingamp_BC07
2 Nov 2007 15:37
Game master |
D'abord, oui, une ORF qui finit par un STOP est parfaitement recevable (tous les gènes codants finissent ainsi).
Pensez seulement à ne pas inclure ce codon STOP dans les coordonnées de fin de votre ORF (retirez si nécessaire 3 aux coordonnées de fin données par SMS).
Ensuite, de quelle E-value s'agit-il? La recherche d'ORF n'en fournit généralement pas (bien qu'elle le puisse théoriquement). |
cheikh
3 Nov 2007 15:05
Contribution: Refer to Rule Book & FAQ |
en fait je voulais dire ne finit pas par un codon stop! desolé!
la E-value c'est qu'on j'ai fait un blast de mon ORF pour s'assurer si c'est un vrai positif que j'ai obtenu une grande E-value! |
Hingamp_BC07
6 Nov 2007 18:09
Game master |
Un ORF peut parfaitement être incomplet (et ne se termine donc pas par un stop).
Les résultats du BLAST n'interviennent dans le statut "codant/non-codant" que si les seuls ORF
sont de faible longueur (la présence d'homologues avérés par le BLAST peut faire basculer
le statut d'un *petit* ORF à codant alors qu'il serait non-codant sans aucune trace
d'homologie dans NR (et sans domaines conservés).
Par contre un ORF de bonne dimension (disons de plus de 150 AA) donnera un statu "codant" au
fragment d'ADN quoi que dise le BLAST! |