Bonjour,
nous avons commencé notre étude avec l'ORF le plus long trouvé par ORF finder, qui fait 528 pb. Nous avons eu alors assez peu d'homologues, un domaine interpro non retrouvé par la suite et que des protéines hypothétiques dans le blast contre nr. Mais notre séquence comprend un autre ORF plus court mais qui lui est incomplet. Les résultats interpo et blast nous permettent cette fois ci de définir très clairement une fonction pour la protéine codée, qui est également plus longue que la première. L'organisme peut être apparenté aux alpha-protéobactéries par l'étude phylogénétique des 2 ORFs.
Est-il justifiable de choisir l'ORF incomplet qui nous donne plus d'informations, ou doit-on prendre automatiquement l'ORF le plus long trouvé dans la séquence?
Merci d'avance pour votre aide

Bonjour,

Les règles du jeu sont claires!
Mais pour justifier que vous avez un ORF non codant, vous devez faire toutes les analyses possibles et être très rigoureux sur votre conclusion.

Par contre, vous pouvez utiliser les analyses complémentaires que vous avez faites pour l'annotation de votre séquence (et non pas ORF).

Bonne annotation.
Celine