Bonjour,
lors de la première correction de ma séquence 3 vous m'avez conseillé d'effectuer ma recherche d'ORFs avec le paramètre ATG. C'est ce que j'ai fait : j'ai pris mon ORF le plus que j'ai trouvé avec le paramètre any codon et je lui est donc mis comme paramètre ATG pour le codon d'initiation. Je trouve bien mon ORF mais quand je regarde mon alignement multiple j'avais compris que je devais voir l'alignement des séquences débuter au même endroit. Or ce n'est pas le cas. Pourriez-vous m'éclairer la dessus? Est ce que j'avais bien compris ou est ce totalement faut? Comme je n'ai pas eu à trouver d'ATG pour toutes mes autres séquences c'est un peu flou pour moi.
Merci d'avance.

Bonjour,

Tout d'abord, on vous a conseillé d'essayer de déterminer la position du codon d'initiation de votre ORF, la recherche d'un ATG est une possibilité mais elle pose une hypothèse forte, à savoir que l'ATG serait le seul codon d'initiation possible.

Pour ce qui est du début de l'alignement multiple:
Les algorithmes d'alignement multiples n'ont pas tous la même "logique" d'alignement, mais dans tout les cas, l'idée est d'obtenir le meilleur alignement possible, en un temps de calcul raisonnable.
Le positionnement de la première méthionine peut de fait, diverger selon les séquences et selon le programme d'alignement utilisé, pour arriver au meilleur alignement possible.
Si vous ne retrouvez pas exactement le début de toutes les séquences à la même position, c'est donc très possible, mais si votre séquence est complète et que vous avez trouvé le bon codon d'initiation, vous devez trouver le début de toutes vos séquences à peu près au même endroit.

Ce qu’on vous demande ici, c’est d’essayer de déterminer la position du codon d’initiation, et pour ça vous devez vous servir de toutes les informations que vous trouverez dans vos résultats. Par exemple, la recherche d’ORF avec ORF finder bien sur, mais aussi vos résultats de blast, les résultats de vos alignements multiples…

Par ailleurs, j’ai vu que vous aviez ouvert deux discussions sur le même sujet, ce n’est pas très grave, mais je vous invite à répondre sur la même discussion, pour une facilité de lecture, pour l’équipe enseignante, mais aussi pour vous ou vos camarades qui voudraient utiliser les réponses qu’on vous a donné.



Bonne annotation.

C. Petitjean