Notre ORF comptient de nombreux codons stop tout le long de la séquence.

>GOS_1091020 Traduction [6-629 sens direct]
MAKRFNY*KIKSCKIITNCFG*IRIFSNA*KQKRLR**K*IRKY*RVVKCYERI**FRKFFRTCIFSNLCRSRMGR*KN*YDDYACIKRFGI*CCFSTWM
GRRIVPTPKINRGKRSKWFRGRETFSICRYYKGKKKSCNFFFDE*ILSRGLDR*YGFTIH**IARKTS*KKLFL**RNK****F*V*SGF*N*RRYKKSW
MDKISKEN
[ ERREUR ] ORF contient un(des) codon(s) STOP (*)!
Taille polypeptide 208 aa

Que faire :
Conclure que l'ORF n'est pas codant?
Est-ce une mauvaise analyse de notre part ( cadre de lecture, sens de lecture de l'ORF)?
Que faire si notre ORF n'est pas condant?

Merci par avance,
Paul.

vous n'avez probablement pas indiqué les bonnes coordonnées/le bon cadre de lecture/le bon brin.
Faites attention aux coordonnées: l'annotathon reconnait les coordonnées de orfinder de la suite SMS; l'outil orfinder du NCBI utilise d'autres coordonnées, notamment pour les ORF sur le brin reverse!