bonjour,
Nous avons un problème pour définir l'orf de notre séquence. Avec  "any codon" nous trouvons un orf "number 1 in reading frame 3 on the direct strand extends from base 3 to base 938" qui n'a ni codon d'initiation ni codon stop. De plus cette orf s'aligne dès le 1ièr nucléotide jusqu'au dernier avec les séquences qui ont les meuilleurs scores ( mais cela n'est valable que pour les 5 premiers alignement). Nous avons donc éffectué une recherche d'ORF avec "atg", il y à bien un atg dans le 1ièr orf trouvé qui est en position 228. Les alignement obtenu sont asser variés certains commence au 1ièr nucléo mais en générale l'alignement au 66ième nucléo.
Je pense donc que il nous manque belle et bien le codon stop ainsi que le codon d'initiation, ais-je raison?
ps: les alignement multiple fait avec les ORF sont copier coller .
merci, camille BAUDESSON

Bonjour,

Quand vous dites "cette orf s'aligne dès le 1ièr nucléotide jusqu'au dernier avec les séquences qui ont les meuilleurs scores ( mais cela n'est valable que pour les 5 premiers alignement)." Comment se positionne votre ORF vis à vis des séquences trouvées dans les banques (cf blast et alignement multiple). Si le premier aa de votre ORF ne s'aligne pas avec les premiers aa (mais bien après) des homologues que vous avez choisis alors il n'y manque le start dans votre fragment d'ADN.

Je ne peux pas vous en dire plus,

Cordialement,

Céline brochier