ci_co
15 Dec 2008 18:15
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Nous avons choisis l'ORF n°1 pour étudier notre séquence (allant de la position 1 à 810).
Quand nous le rentrons dans l'annotathon celui-ci nous dit qu'il nous manque la partie en 5', car elle ne commence pas par une méthionine.
Nous avons donc suggéré que le codon start était peut être en amont de la séquence que nous avons, et que du coup nous ne connaissons pas sa position.
Une remarque du correcteur nous dit cela : pourrions-nous être plus précis sur le nombre d'a.a manquants en 5' ?
Nous avons donc comparé notre séquence à celle trouvée grâce à la recherche de domaines protéiques. Or son domaine protéique commence en position 1 (pour finir en 216).
Les résultats du BLASTS donnent des alignement dès le début de la séquence...
Que répondre alors ?
Cordialement
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Herrmann_BC08
15 Dec 2008 21:12
Maître de jeu |
Bonjour,
le meilleur moyen pour avoir une idée de l'étendue d'un ORF est de le comparer aux homologues trouvés. Cela se fait le plus simplement en regardant l'alignement multiple. Si tous les homologues sont environ de même longueur, alors il y a des chances que leurs acides aminés de départ (souvent des méthionines) s'alignent plus ou moins. Dans ce cas, on peut assez simplement, en regardant la position de votre ORF, en déduire les AA manquants.
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