Bonjour,

 

J'ai une question concernant la recherche xtg : vous avez dit dans certaines corrections qu'elle ne peut être utilisée que si les ORF sont complets en 5', et qu'il fallait justifier son usage sur les ORFS.

 

Comment des ORFS peuvent être complets en any codon ? J'ai du mal à comprendre ce concept, pour moi, chaque ORF apparaissant lorsque l'on met any codon est considéré comme complet en 5' jusqu'à que l'on prouve le contraire en utilisant xtg pour affiner la recherche. Dans ce cas, il me semble pertinent d'utiliser xtg sur tous les ORFS ayant apparu en any codon.

 

Merci de votre réponse et votre attention à ma question!

Bonjour,

 

Ce point a été largement discuté dans le cadre des premières séances.

 

L'option "any" codon, vous donner les ORF les plus longues. Quatre cas de figures sont possibles :

1- ORF avec l'extrémité 5' située après un codon stop lui-même situé au sein du fragment et l'extrémité 3' terminée par un stop lui-même situé au sein du fragment ;

2- ORF avec l'extrémité 5' située après un codon stop lui-même situé au sein du fragment et pas de codon stop en 3' car l'ORF déborde du fragment côté 3';

3- ORF avec l'extrémité 5' située en dehors du fragment et l'extrémité 3' terminée par un stop lui-même situé au sein du fragment ;

4- ORF avec l'extrémité 5' située en dehors du fragment et l'extrémité 3' située en dehors du fragment ;

 

 

FRAGMENT:                          ___________________________________________

                                                              *----------------------* ORF type 1

                                                                                                                       *----------------------* ORF type 2

                                      ----------------* ORF type 3

                                  ----------------------------------------------------------------------------------------------* ORF type 4

 

En vert = partie d'ORF correspondant réellement à un gène

En gris = partie d'ORF correspondant à un gène mais ne pouvant pas être prédites car situées en dehors des fragments
En rouge = partie d'ORF ne correspondant pas à un gène

 

L'option "xtg" d'ORF finder permet d'affiner la position de l'extrémité 5' des ORFs lorsqu'elle est située dans le fragment étudié, cad les ORFs de type 1 et 2. Concrêtement, cela élimine les zones "rouges".

 

En espérant que ces éléments vous éclairent.

 

Cordialement,

 

Céline Brochier