Bonjour,

J'ai passé beaucoup beaucoup de temps à rechercher une séquence à analyser (souvent à cause de pourcentages d'identités trop faibles avec les homologues), est-ce que le fait que dans l'onglet statut, j'ai les deux messages suivants (en vert), alors que mon ORF me semblait complet, est problématique pour continuer l'analyse ? Est ce que le fait que l'ORF5 (celui que je souhaite analyser) ne soit pas complet à la fin est problématique ?

Faut il que je continue à persévérer à trouver une autre séquence, ou puis-je continuer avec celle-ci ? 

[ Pour info ] 5' incomplet: ne commence pas par une Méthionine
[ Pour info ] 3' incomplet: codon suivant n'est pas un STOP

253 aa

En vous remerciant par avance,

Hello, 

Je pense pas que ça puisse poser un problème : du moment que ta séquence est assez grande et qu'elle contient un grand nombre d'homologues, elle peut être incomplète dans l'échantillon qui t'a été proposé.

Je pense aussi qu'il y a d'autres étudiants dans le même cas que toi sans 5' & 3' définit qui ont continué leur analyse!

De plus je crois voir une Méthionine en position 14 de ta séquence, et souviens toi que quand tu as utilisé ORF Finder, tu as coché "any codon" ce qui est un peu moins sélectif, donc peut être que ton début de séquence est bien existant, mais que ORF Finder ne l'a pas sélectionné. 

En tout cas le mieux est d'attendre une réponse de la prof, peut être qu'elle me contredira.

Bon courage pour la suite (:

Merci à Éva à cette très bonne réponse

Merci beaucoup !