Bonjour,
Avec les annotations déjà données, est ce que cela signifie qu'il n'y a rien d'intéressant ici et que je passe à une autre annotation ?
En effet, puisqu'il faut éliminer les ORF chevauchants de petite taille, je peux éliminer les ORF 2,3,4 qui chevauchent ORF1.
Néanmoins ORF1 n'est pas complet, ni en 5' ni en 3'. Est ce que dans ces conditions, il faut éliminer l'ORF sans aller plus loin ? Ou est ce que ce n'est pas important ?
Si je vais plus loin, et que je fais un BLAST sur l'ORF 1, je trouve:
Score E Max
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ident
MAP03754.1 hypothetical protein [Halieaceae bacterium] 767 0.0 97%
HCG94909.1 TPA: hypothetical protein [Halieaceae bacterium] 766 0.0 97%
MCH1602177.1 DNA polymerase Y family protein [Luminiphilus sp.] 750 0.0 95%
MAK69795.1 hypothetical protein [Halieaceae bacterium] 744 0.0 95%
RPG89008.1 DNA polymerase Y family protein [Cellvibrionales ba... 742 0.0 94%
MAR28334.1 hypothetical protein [Gammaproteobacteria bacterium] 742 0.0 94%
NCG07655.1 hypothetical protein [Gammaproteobacteria bacterium] 734 0.0 92%
MCH1445620.1 DNA polymerase Y family protein [Luminiphilus sp.] 734 0.0 92%
MAJ27687.1 hypothetical protein [Halieaceae bacterium] 661 0.0 94%
(et beaucoup d'autres ensuite).
Puisque l'énoncé dit que ça ne soit pas être a dessus de 95% est ce que c'est une confirmation qu'il faut que je passe à une autre annotation ?
Par ailleurs, ce BLAST montre que que les 2 premiers sont hypothetical, le 3è est connu. Si je continuais avec cet ORF, faudrait il mettre connu puisqu'on a quelque chose de très proche connu ? Ou novel parce que le plus proche est hypothetical ?
Merci,
Bonne journée,
Grégoire