Bonjour ,

Après une autre recherche de séquences à annoter n'étant pas sûre de mon cas précédent. Je suis tombée sur cette séquence . 
celle ci présente deux ORFs codants . 
J'ai tout naturellement choisi l ORF 2 car elle était plus longue et avait plus d'homologues sur Blast ( 3076) . Mais en voulant passer à la deuxième étape il a été demandé de blaser cette ORF par Nr et par swiss prot . 
Or avce Swiss prot je n'ai trouvé aucun résultat.  Est il donc possible de continuer le travail d annotation avce cette ORF ? 
 

Cordialement. 
 

 Veronica

ps : vous demandez un pourcentage d identité inférieur à 90%. Cette condition est elle stricte ? Ou peut on utiliser une séquence avec un pourcentage d identité à 90 % pile ? 
 

Re-bonjour,

En effet, 693 homologues est relativement peu, donc à priori l’ORF2 est mieux pour les analyses. Ce n’est pas essentiel d’avoir les hits dans Swissport (indiquez quand même que vous avez fait le BLAST et vous avez 0 résultat). Les comparaisons dans Swissport sont utiles pour trouver des homologues bien annotées, et ceci peut vous aider dans la détermination de la fonction de la protéine. Si vous avez suffisamment d’informations sur la fonction par ailleurs, vous pouvez garder cet ORF.

Attention ! J’ai affiché une série des instructions dans le cours (avant le premier vidéo), pour éviter de ralentissement potentiel du BLAST. Bien que vous puissiez utiliser le BDD nr, je vous conseille plutôt refseq_protein (plus petite et plus propre que NR). Vous pouvez aussi analyser un ORFs, si l'identité de son meilleur hit est plus petite ou égale à 95% (et pas 90% comme précédemment).

Bon travail,
Emese Meglecz

Re-Bonjour, 

Merci beaucoup , 

je vais donc analyser mes trois possibilités d ORFs afin de choisir ( je l espère ) la plus intéressante à annoter . 
 

en vous souhaitant une agréable journée . 
 

bien cordialement. 
 

Veronica.