Bonjour,

 

J'ai une question pour le choix de l'ORF. J'ai une ORF KNOWN mais qui s'affiche [ERREUR] ORF contient un(des) codon(s) STOP (*), dans la partie "Traduction". Cela veut dire que je ne peux pas choisir cette ORF ?

 

Merci.

Tout dépend de tes ORFs, selon moi. Si tu as des ORFs qui sont tous complet en 5'-3', dans ce cas, cela ne déranges pas.

 

Dans les règle du jeu, c'est mieux si il n'est pas complet dans l'un des deux côté, mais après on peut pas avoir une séquence parfaite à chaque fois ^^"

 

Après j'ai l'impression que tu as réglé ton problème ?

Si tu as ce message d'erreur il te suffit de retirer les 3 derniers nucléotides qui représentent un codon stop (si le * est à la fin)

Sinon si les stop sont à l'intérieur de la séquence, faudra donc changé.

Bonjour,

 

de manière générale,

- les messages d'[ERREUR], en rouge, sont à corriger.

- les messages d'[ERREUR], en vert, sont simplement là pour information :

==> par exemple, "[ERREUR] : l'ORF est incomplet en 5', car il ne commence pas par un Méthionine" (message affiché EN VERT)

==> Ceci est lié à la recherche d'ORF effectuée, avec le paramètre "Any codon" : il est donc normal que l'ORF ne débute pas par une Methionine, il débute par n'importe quel codon codant un aa.

==> Dans ce cas, le statut complet/incomplet en 5' doit se déterminer par rapport à la position de début de l'ORF.

 

Le message "[ERREUR] ORF contient un(des) codon(s) STOP (*)" est généralement dû à un mauvais remplissage des coordonnées de l'ORF.

Regardez bien, pour la coordonnée de fin de l'ORF, on vous demande la coordonnée AVANT le stop.

Donc, dans le cas :

- d'un ORF complet en3', lorsque le codon stop est présent, vous mettez la coordonnée AVANT le stop, vous retirez donc 3 nt à la coordonnée de fin de l'ORF trouvée.

- d'un ORF incomplet en 3', le stop est de toute façon absent, vous mettez donc la coordonnée de fin de l'ORF trouvée.

==> Ceci est fait pour obtenir une traduction de votre ORF SANS codon stop, car le codon stop peut poser problème aux outils de bioinfo utilisés par la suite (par exemple, blast ou interpro).

 

Si par contre, vous avez plusieurs codons stop dans la traduction de l'ORF, il faut revoir les coordonnées de l'ORF que vous avez renseignées, coordonnées de début + fin.

Il doit y avoir une erreur de coordonnées :

- erreur dans la coordonnée de début => mauvaise phase de lecture

- ou erreur d'ORF ou de brin.

 

Bon travail,

BW