Bonjour, 

Je rencontre un problème concernant la classification de certains ORF.

Il est évident que les ORF 3, 5, 6 et 7 constituent des Faux positifs. Cependant, les ORF 2 et 4 se chevauchent. Tous deux possèdent dans leur séquence un nombre d'aa convenable (et assez proches). De plus, les recherches d'homologues par BLASTp pour chacun de ces ORF sont satisfaisantes. Comment dois-je procéder pour choisir lequel de ces deux ORF est un faux positif ? Dois-je sélectionner l'ORF avec ; le plus grand nb d'aa / le plus grand nombre de séquences homologues trouvées ? Ou bien le paramètre d'ORF complet/incomplet serait décisif ? Ici ORF4 <  ORF2 en terme de nb aa et homologues, mais est complet (ce qui n'est pas le cas pour l'ORF2).

Bonne journée.

Bonjour Emilie,

L’échange des messages suivant peut vous aider. Chez vous le chevauchent est un peu plus long, mais les mêmes principes sont valables pour votre cas aussi.
http://annotathon.org/?seeThread=3281

Dites-moi si vous avez besoin plus d’aide.

Attention, vous avez peu d’homologues et les ORF codants (la partie qu’on a) sont relativement courts. Il est possible que vous alliez rencontrer des difficultés avec cette séquence à l’étape de phylogénie. Je vous encourage, donc de faire les analyses brutes sans passer trop de temps sur les détails, avant de décider si c’est la séquence que vous allez analyser jusqu’au bout.

Bon après-midi,
Emese Meglecz