Bonjour, 

A la fin de la séquence pour l'ORF 3, il n'y a pas d'étoile indiquant un codon stop.

Donc pour renseigner la fin de l'ORF il faut bien noter 1226 comme obtenu et non enlevé les 3 aa.

Pouvez-vous me confirmer?

Merci, 

Marine

Bonjour Marine,

Oui c'est bien ça :)

Comment est-ce possible qu'il y ai des ORF sans codon stop dans leur sequence, est-ce que cela signifie que la sequence n'est pas assez longue ? Si c'est le cas, pourquoi ORFinder le caracterise comme un ORF (vu qu'il n'y a pas de codon stop)? 

Je me suis peut-etre perdue dans mon raisonnement, quelqu'un aurait des elements pour eclaircir ce point ?

Bonjour Solène,

Je remets ici la figure 2 de cours sur l’ORF.
Les séquences d’ADN que vous avez sont des morceaux aléatoires des génomes. Ces séquences peuvent contenir la totalité d’un ou 2 (peut être plus) de gènes (Situation B sur l’image), mais il est aussi possible qu’elles couvrent que le début (D) , la fin (C) ou le milieu (E) d’un gène.
Si la fin de gène n’est pas couverte par la séquence, on ne va pas voir le codon STOP.

Bon travail,
Emese Meglecz

Merci beaucoup pour votre reponse. 

Mais du coup est-ce un bon ORF pour l'etude ?

L’ORF n’est pas complet, car comme vous avez dit la séquence n’est pas assez longue pour couvrir la totalité de l’ORF. Néanmoins, on a 321 acides aminés, ce qui donne suffisamment d’information sur sa fonction et pour créer un arbre phylogénétique. Donc pas de problème pour le travail, même si l’ORF n’est pas complet.
Pensez à estimer le nombre d'aa manquants sur la base de l'alignement multiple.