Bonjour,

 

J'ai pris en groupe d'étude:

 

Bacteria:Calditrichaeota:Calditrichae:Calditrichales

1

2

1E-180

1E-180

 

et en groupe extérieur :

Bacteria:Chloroflexi:Anaerolineae:Anaerolineales

12

106

1E-150

1E-117

 

je voudrais savoir si c'est bien le bon choix en sachant pour le groupe Bacteria:Calditrichaeota:Calditrichae:Calditrichales, dans mon tableau s'y figure ceci:

Bacteria:Calditrichaeota

1

4

2E-97

2E-97

 

 

Dois-je le prendre comme groupe extérieur ou ne dois-je pas y tenir compte ?

 

Merci cordialement

Je viens de voir ce qu'Anais a mis sur le forum, les valeurs 0.0 sont plus petites que e-180.

 

Donc je pense prendre comme groupe d'étude

 

Bacteria:Proteobacteria

1

8

0.0

0

 

et comme groupe extérieur

 

Bacteria:Calditrichaeota:Calditrichae:Calditrichales

1

2

1E-180

1E-180

 

 

par contre comment doi-je calculer l'ordre de grandeur ?

 

Merci cordialement

Salut Sarah,

 

Je me souviens que la prof avait proposé dans un autre poste différentes options pour gérer les E-valeurs de 0 : raccourcir la longueur de ta séquence requête dans BLAST (afin que les scores d'alignement soit légèrement inférieur), ou faire une recherche dans refseq_protein au lieu de nr pour voir si les résultats sont plus simples à gérer.

 

Personnellement, j'avais le même cas de figure et recalculé l'E-valeur de 0 grâce au score d'alignement qui est donné en parallèle des E-valeurs (qui lui, n'est pas limité). C'est peut-être moins précis, mais j'ai trouvé ça pratique.

 

(Attention à groupe extérieur, car les Protéobactéria sont dans un noeud non-résolu à la racine de l'arbre. Il faut donc choisir toutes les non-Protéobactéria, et pas seulement le groupe avec la seconde meilleure E-valeur.)

Re-bonjour,

 

Merci beaucoup Anais pour tes réponses.

Bonjour Sarah et Anaïs,

Très bonne remarque sur le groupe extérieur si on choisit les proteobacteria comme groupe d’étude.

 

Il y a deux questions à poser :
 - Peut-on faire confiance à l’annotation des séquences Calditrichaceae ?
- Peut-on supposer que la linge Bacteria:Proteobacteria (Evaleur 0.0) correspond au deltaproteobacteria ?

Si la réponse à la première question est non, et pour la deuxième est oui, alors il est possible de choisir un groupe d’étude plus petit que le proteobacteria, même si c’est une hypothèse un peu risquée.

Bon travail,
Emese Meglecz

 

Bonjour,

 

J'ai réfléchis à ce que vous avez écrit, je pense prendre les delta proteobacteria comme groupe d'étude et par contre est-il possible pour moi de prendre les gamma proteobacteria comme groupe extérieur (meilleur e-valeur : 8E-149) ? ou je dois abstraction de cette valeur et prendre le groupe "frère" le plus proche donc ici les alpha proteobacteria (e-valeur : 7E-132)

 

Merci cordialement 

Bonjour Sarah,

Si vous prenez le delta protéobacteria comme groupe d’étude TOUS les delta devraient être votre groupe d’études peu importe de quels ordres il appartient.
Une fois vous avez choisi le groupe d’étude, le choix de groupe extérieur ne dépend pas des Evaleurs, mais la phylogénie (http://annotathon.org/Metagenes/index.php/Annotathon:_foire_aux_questions#L.27arbre_de_la_vie.2C_vu_par_les_microbes ), ou la taxonomie.
Le groupe frère des deltabacteria n’est pas le alphabateria.

Bon courage,
Emese Meglecz

En complément, lisez le poste http://annotathon.org/?seeThread=2966 aussi.

 

Bonjour,

 

Je vous remercie de votre aide. 

Le complément que vous avez envoyé m'a beaucoup aidé.
Si j'ai bien compris, je dois prendre les delta protéobacteria comme groupe d'étude et les non delta protéobacteria en groupe extérieur (cad tous les groupes comme par exemple les alpha, beta, gamma proteo bacteria)

 

Merci cordialement

C'est une possibilité.

Bonjour,

 

Au vue de mon petit problème avec les groupes extérieur et d'étude, j'ai décidé de faire un bastp contre refseq_proteine.

Voici les résultats que j'ai obtenu:

 

Table 3: Catalogue des fonctions des protéines alignées par BLASTp contre refseq_proteine

 

Definitions	nb lines	min E-value	max E-value
cysteine desulfurase-like protein	100	7e-150	8e-119

 

Je retrouve la fonction que j'avais trouvé avec Nr donc pour le moment ça va, mais ensuite j'obtiens ceci:

 

 

Table 4 : Synthèse des classifications taxonomiques des protéines alignées par BLASTp contre refseq_proteine

 

Classification	nb lines	nb hits	min E-value	max E-value
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Calotrichaceae	1	1	7e-150	7e-150
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Chromatiales	1	2	3e-147	3e-147
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Hyphomicrobiales	62	113	1e-138	8e-119
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales	2	4	2e-125	6e-125
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Burkholderiales	1	2	4e-121	4e-121
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sphingomonadales	1	2	3e-120	3e-120
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Kordiimonadales	1	1	5e-120	5e-120
Bacteria:Planctomycetes:Planctomycetia:Pirellulales	1	2	3e-143	3e-143
Bacteria:Chloroflexi:Anaerolineae:Anaerolineales	6	14	8e-137	7e-128
Bacteria:Chloroflexi:Ktedonobacteria:Ktedonobacterales	8	15	4e-130	1e-119
Bacteria:Chloroflexi:Chloroflexia:Kallotenuales	1	1	3e-123	3e-123
Bacteria:Chloroflexi:Caldilineae:Caldilineales	1	1	4e-120	4e-120

 

Mon tableau est beaucoup plus petit, j'ai beaucoup moins de valeurs qu'avec Nr mais surtout, en regardant les e-valeur, mon groupe d'étude ici serait Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Calotrichaceae avec une e-valeur de 7e-150 alors qu'avec Nr, les Cyanobacteria ont comme plus grande e-valeur 4E-109. 

Je suis perdue, je ne sais pas quel tableau utilisé puisque les classifications taxonomiques changent.

Devrais-je prendre le tableau de blastp contre refseq et dans ce cas je change mon groupe d'étude (Bacteria:Cyanobacteria) et mon groupe extérieur  (Bacteria:Proteobacteria)

ou dois-je garder mon ancien tableau ?

 

Merci cordialement

 

 

Bonjour Sarah,

Vous avez fait une erreur quelque part. J’ai refait le BLAST contre refseq_protein et j’ai 5000 eu hits.

 

Bon courage,
Emese Meglecz

 

Bonjour,

 

J'ai refais le test, en effet j'ai dû faire une erreur.Par contre, j'ai une petite question, puis-je prendre les résultats avec refseq_protein ou dois-je absolument garder mes résultats avec Nr. J'ai trouvé ces résultats:

 

Classification	nb lines	nb hits	min E-value	max E-value
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Calotrichaceae	10	13	7e-150	1e-99
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Hapalosiphonaceae	19	31	8e-115	6e-108
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Fortieaceae	4	6	6e-113	2e-104
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Nostocaceae	69	106	2e-112	7e-57
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Aphanizomenonaceae	26	40	3e-111	2e-58
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Chlorogloeopsidaceae	1	1	6e-111	6e-111
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Scytonemataceae	7	14	4e-109	7e-104
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Tolypothrichaceae	5	7	6e-109	5e-104
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Symphyonemataceae	1	1	1e-105	1e-105
Bacteria:Cyanobacteria:Synechococcales:Leptolyngbyaceae	15	26	5e-118	6e-58
Bacteria:Cyanobacteria:Synechococcales:Oculatellaceae	2	4	9e-115	3e-109
Bacteria:Cyanobacteria:Synechococcales:Chamaesiphonaceae	2	2	2e-114	9e-113
Bacteria:Cyanobacteria:Synechococcales:Trichocoleusaceae	3	6	8e-106	3e-104
Bacteria:Cyanobacteria:Synechococcales:Merismopediaceae	1	1	8e-97	8e-97
Bacteria:Cyanobacteria:Synechococcales:Prochlorotrichaceae	7	11	1e-61	8e-57
Bacteria:Cyanobacteria:Chroococcales:Aphanothecaceae	1	1	1e-114	1e-114
Bacteria:Cyanobacteria:Oscillatoriales:Oscillatoriaceae	3	5	1e-110	1e-57
Bacteria:Cyanobacteria:Oscillatoriales:Microcoleaceae	2	3	1e-62	7e-60
Bacteria:Cyanobacteria:Pleurocapsales:Hydrococcaceae	1	1	2e-110	2e-110
Bacteria:Cyanobacteria:Pleurocapsales:Hyellaceae	2	2	5e-110	1e-109
Bacteria:Cyanobacteria:Pleurocapsales:Dermocarpellaceae	2	3	8e-105	8e-104
Bacteria:Cyanobacteria:Pleurocapsales:Xenococcaceae	1	1	1e-103	1e-103
Bacteria:Cyanobacteria	1	2	6e-108	6e-108
Bacteria:Cyanobacteria:Gloeobacteria:Gloeobacterales	2	2	2e-62	3e-59
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Chromatiales	2	4	3e-147	5e-78
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Pseudomonadales	61	170	2e-114	4e-57
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Methylococcales	10	15	1e-113	2e-96
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales	224	528	6e-101	5e-61
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Vibrionales	365	1753	2e-100	6e-57
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria	4	5	1e-98	4e-84
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Enterobacterales	51	305	4e-92	1e-80
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Thiotrichales	8	41	1e-90	1e-75
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Aeromonadales	20	101	3e-89	7e-74
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Oceanospirillales	10	13	4e-87	4e-59
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Nevskiales	1	1	1e-71	1e-71
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Xanthomonadales	1	1	3e-65	3e-65
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Hyphomicrobiales	554	1590	1e-138	1e-57
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales	32	64	2e-125	2e-58
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Burkholderiales	9	18	4e-121	2e-59
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sphingomonadales	28	42	3e-120	9e-57
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Kordiimonadales	1	1	5e-120	5e-120
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodobacterales	25	42	4e-117	6e-57
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Kiloniellales	3	6	1e-109	1e-108
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Caulobacterales	1	1	1e-64	1e-64
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rickettsiales	1	2	5e-64	5e-64
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfovibrionales	1	2	4e-63	4e-63
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Neisseriales	3	6	1e-62	2e-61
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Myxococcales	1	3	5e-58	5e-58
Bacteria:Planctomycetes:Planctomycetia:Pirellulales	9	19	3e-143	1e-74
Bacteria:Planctomycetes:Planctomycetia:Planctomycetales	6	10	4e-104	8e-96
Bacteria:Planctomycetes:Planctomycetia:Gemmatales	1	1	3e-91	3e-91
Bacteria:Planctomycetes:Planctomycetia:Isosphaerales	3	5	1e-79	2e-74
Bacteria:Chloroflexi:Anaerolineae:Anaerolineales	7	17	8e-137	7e-118
Bacteria:Chloroflexi:Anaerolineae:Aggregatilineales	1	1	8e-108	8e-108
Bacteria:Chloroflexi:Ktedonobacteria:Ktedonobacterales	9	16	4e-130	7e-74
Bacteria:Chloroflexi:Chloroflexia:Kallotenuales	1	1	3e-123	3e-123
Bacteria:Chloroflexi:Caldilineae:Caldilineales	2	4	4e-120	4e-108
Bacteria:Chloroflexi:Ktedonobacteria:Thermogemmatisporales	4	6	3e-118	1e-117
Bacteria:Chloroflexi:Thermoflexia:Thermoflexales	1	1	2e-115	2e-115
Bacteria:Chloroflexi:Chloroflexia:Chloroflexales	12	16	8e-113	5e-102
Bacteria:Chloroflexi:Chloroflexia:Herpetosiphonales	3	5	6e-111	2e-109
Bacteria:Chloroflexi:Ardenticatenia:Ardenticatenales	1	2	1e-110	1e-110
Bacteria:Chloroflexi	1	1	4e-103	4e-103
Bacteria:Acidobacteria:Acidobacteriia:Acidobacteriales	4	5	2e-105	6e-71
Bacteria:Acidobacteria:Vicinamibacteria:Vicinamibacteraceae	1	1	8e-70	8e-70
Bacteria:Gemmatimonadetes:Longimicrobia:Longimicrobiales	1	4	1e-103	1e-103
Bacteria:Gemmatimonadetes:Gemmatimonadetes:Gemmatimonadales	4	8	7e-77	2e-73
Bacteria:Firmicutes:Clostridia:Clostridiales	5	9	2e-83	3e-60
Bacteria:Firmicutes:Clostridia:Natranaerobiales	1	2	1e-81	1e-81
Bacteria:Firmicutes:Bacilli:Bacillales	101	208	3e-87	6e-57
Bacteria:Firmicutes:Bacilli:Lactobacillales	8	27	3e-76	1e-68
Bacteria:Bacteroidetes:Cytophagia:Cytophagales	33	58	5e-85	4e-68
Bacteria:Bacteroidetes:Saprospiria:Saprospirales	1	1	3e-82	3e-82
Bacteria:Bacteroidetes:Sphingobacteriia:Sphingobacteriales	1	2	3e-79	3e-79
Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales	26	49	3e-78	3e-57
Bacteria:Armatimonadetes:Armatimonadia:Armatimonadales	1	2	4e-84	4e-84
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Pseudonocardiales	147	271	2e-83	6e-57
Bacteria:Actinobacteria:Rubrobacteria:Rubrobacterales	2	5	2e-82	4e-66
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptomycetales	436	894	2e-78	7e-57
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Geodermatophilales	57	174	1e-75	3e-57
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Micrococcales	128	225	2e-75	7e-57
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Corynebacteriales	17	29	1e-74	6e-57
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales	76	146	3e-73	2e-58
Bacteria:Actinobacteria:Rubrobacteria:Gaiellales	1	2	4e-72	4e-72
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Kineosporiales	1	2	1e-71	1e-71
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Propionibacteriales	78	138	1e-71	5e-57
Bacteria:Actinobacteria:Nitriliruptoria:Egicoccales	1	3	6e-71	6e-71
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria	1	2	3e-69	3e-69
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Micromonosporales	127	292	4e-67	9e-57
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Catenulisporales	2	3	2e-64	2e-61
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Motilibacterales	1	2	2e-64	2e-64
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Frankiales	4	7	2e-63	3e-58
Bacteria:Actinobacteria:Nitriliruptoria:Euzebyales	1	1	1e-63	1e-63
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Nakamurellales	3	5	3e-61	2e-57
Bacteria:Actinobacteria:Thermoleophilia:Solirubrobacterales	2	3	1e-60	4e-60
Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales	1	1	1e-57	1e-57
Bacteria:Synergistetes:Synergistia:Synergistales	4	7	5e-83	8e-75
Bacteria:	1	2	7e-59	7e-59
Eukaryota::Cryptophyceae:Pyrenomonadales	1	2	7e-73	7e-73

 

 

Mon groupe d'étude et mon groupe extérieur changent par rapport à ces résultats.

 

Merci cordialement

 

Bonjour Sarah,

Vous pouvez utiliser les résultats de RefSeq. C’est votre choix.

Bon travail,
Emese Meglecz