Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: groupe extérieure

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groupe extérieure
lea19
5 Apr 2021 13:08
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bonjour, 

 

j'ai choisit les balneolaeota appartenant aux groupe FCB : Bacteroidetes.

maintenant pour le groupe extérieure si je me réfère à l'abre il s'agirait des cytophagales. 

Dans mon tableau je ne sais pas lequel choisir entre :

Bacteria:Bacteroidetes 4 40 1,00E-134 1,00E-19
Bacteria:Bacteroidetes:Cytophagia:Cytophagales 264 747 2,00E-122

7,00E-15

 

merci pour votre aide

 

léa

AnaisE
6 Apr 2021 20:32
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Bonsoir Léa,

 

Juste une remarque après avoir jeté un oeil à ton tableau : n'oublie pas que plus l'E-valeur est faible, meilleure elle est. Une E-valeur de 0 est donc par définition la meilleure que tu puisses obtenir.

(BLAST affiche 0 si je me souviens bien dès qu'une E-valeur est inférieure à ~ E-180)

 

Bonne suite !

Meglecz20CTES
7 Apr 2021 12:09
Game master

Bonjour Léa et Anaïs,


Merci encore à Anaïs pour sa réponse tout à fait pertinente.


Le choix de Balneolaeota comme groupe d’étude n’est pas justifié.


Cordialement,
Emese Meglecz

 

lea19
8 Apr 2021 21:38
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Bonsoir, 

Merci pour vos deux réponses !

j'ai donc choisi comme groupe d'étude :

Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales 338 1004 0.0 8,00E-15
   

 car e valeur est de 0,0 

et pour le groupe éxterieur :

 

Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia 1 1 1,00E-32 1,00E-32

"

ma question est si mon groupe extérieur est bon ? car j'hésite sinon avec les "cytophogales/flavobacteria" car ils sont directement ratachés à la boucle des bactéroides .

de plus en ce qui concerne e valeur qui est égale à 0 je n'ai pas bien bien compris comment on recalcule pour avoir une bonne valeure ?

 

merci et bonne soirée

 

léa

Meglecz20CTES
9 Apr 2021 11:10
Game master

Bonjour Léa,


Le groupe d’étude ou groupe extérieur ne se limite pas à une seule ligne du tableau.

 

Si vous choisissez l’ordre de Flavobacteriales (Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales), le groupe extérieur devrait être  Flavobacteriia, non Flavobacteriales. Or vous n’avez pas de séquence, qui tombe surement dans le groupe extérieur (on ne connait pas l’ordre de la séquence dans la ligne Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia )

 

Si vous choisissez  la classe Flavobacteriia les séquences de lignes
 - Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales
 - Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales
ferons partie de votre groupe d’étude. Le groupe extérieur sera tous les Bacteroidetes non Flavobacteriia, ce qui correspond à plusieurs lignes.

 

Cordialement,
Emese Meglecz

lea19
10 Apr 2021 22:26
Non evaluated contribution

ok , j'ai compris merci beaucoup