Bonjour Julien,
Je pense que vous avez fait une erreur de copier/coller. Dans les résultats bruts d’ORFinder, l’ORF 1 commence par
'sgnrauxSuncgnmuAAAATTGAACTCACCCAGCAG….'
Ceci vous donne de mauvaises positions pour le début de l’ORF.
Je me posais une autre question, dans la plupart de mes analyses, il m'est signalé que l'ORF ne commence pas par un méthionine.
--> Si j'ai bien tout compris, c'est parce que nous avons choisi "any codon" mais est-ce que cela influx sur l'analyse ? Est ce que cela signifie que l'ORF n'est pas complet en 5' ?
Oui, vous avez bien compris, l’ORF est signalé comme incomplet en 5’ par Annotathon s’il ne commence pas par une méthionine, et ceci est le résultat de paramètre ‘any codon’ dans ORFinder. Avec cette option, il est possible (et même fréquente), que le vrai début de l’ORF commence quelques positions en aval de début d’ORF. Ceci ne pose pas de problème pour la recherche des homologues, car BLAST fait des alignements locaux, et ne va pas aligner la partie superflue de l'ORF avec des séquences de BDD. À l’étape de l’alignement multiple vous serez en mesure, à préciser le réel début de l’ORF s’il est vraiment complet.
Les ORF signalés comme incomplets par Annotahon peuvent être complètes (comme vu plus haut), ou ils peuvent être incomplet, si l’ORF commence à moins de 3 bases de début de la séquence. Ceci, encore une fois, vous allez pouvoir confirmer à l’étape de l’alignement multiple.
Quand nous avons plusieurs ORF apparemment codant dans un fragment d'ADN, que devons nous indiquer en début et fin de séquence codante ? Il n' y a pas plusieurs lignes pour mettre les limites di différents ORF.
Mettez les positions de l’ORF de votre choix que vous allez analyser en détail.
Cordialement,
Emese Meglecz