Bonjour,

L'orf 1 est-il utilisable sachant que son pourcentage d'indentité sur BLAST est de 88.46% et son E-value de 3e-99?

L'orf 1 est en rouge sur le schéma ce qui correspond à Kwown

Cordialement

Autant pour moi, en rentrant les valeur de début et de fin d'orf, Annothaton me dit qu'il y a un codon stop dans la séquence

Et si L'ORF a un pourcentage d'inentité de 90.16%, peut-il être choisi?

Annothaton t'indique qu'il y a un codon stop car tu as rentré les 3 derniers nucléotides de ton ORF (qui code le codon stop). Il faut mettre le dernier nucléotide avant cela, donc rentre 498 comme fin au lieu de 501 et ça sera bon.

Merci beaucoup!

Du coup annothathon écrit que l'ORF n'est pas complet car il ne commence pas par une méthionine. Je peux continuer d'annoter cette séquence quand même ?

Merci

Oui, ce n'est pas grave, c'est courant qu'il ne commence pas par une méthionine, car on choisit l'option "any codon" pour démarrer la recherche d'ORF. Le début de ton ORF est donc légèrement plus loin que celui indiqué par ORF finder. Tu verras peut-être le vrai début en alignant les séquences homologues avec BLAST.

Merci pour ton aide, vraiment

Je t'en prie, bonne chance !

Merci, Anaïs!