Voici un message intéressant avec sa réponse :

 

Bonsoir Madame,

 

Dans les règles du jeu d'Annotathon et dans votre vidéo, vous employez SMS ORF finder, puis construisez le diagramme de répartition des ORFs avec bloc note. Je me demandais s'il ne serait pas moins laborieux d'employer l'image préfaite de NCBI ORF finder.

   

    Devons-nous choisir un seul de ces logiciels, ou peut-on employer les deux à titre comparatif et l'indiquer dans notre protocole ?
    Si nous devons en choisir un seul, lequel recommenderiez-vous ?
    Si je peux choisir NCBI ORF finder, je n'aurais pas les mêmes informations que les autres dans la partie "RÉSULTATS BRUTS", est-ce un problème ?

 

Merci pour vos éclaircissements,

Anaïs Equey

 

 

Bonjour Anaïs,

Vous êtes curieuse, comme d’habitude. C’est très bien.

NCBI ORF finder a fait un joli progrès depuis mes dernières visites de ce site et en effet, il fournit des résultats dans un format plus agréable que SMS ORFinder.

Hélas, Annotathon n’a pas suivi cette évolution (travaux en cours), et par exemple, pour le moment on ne peut pas insérer des images dans les champs d’annotathon qu’un utilisant une URL.

 

Sur le fond, les 3 outils devraient donner les mêmes résultats en utilisant les mêmes paramétrages, donc la comparaison des outils en ce qui concerne le nombre et positions des ORFs n‘est pas nécessaire.

 

Vous pouvez utiliser l’outil de votre choix :

- SMS ORF finder => un peu laborieux, pas visuel, MAIS position des ORFs sur le brin- sont directement applicables dans Annotathon (champs Début et Fin ORF)
- NCBI ORF finder => facile à utiliser, visuel, MAIS, les positions des ORF sur le brin- sont données par rapport au brin+. Ce n’est pas ce qui est demandé dans Annotathon, donc il faut faire une conversion. Le choix de longueur minimum des ORF est restreint.
- EBI => simple traduction, difficile à utiliser.

 

Dans la pratique, le plus simple sera peut-être d'utiliser SMS pour obtenir les résultats bruts au format souhaité, et NCBI pour vous guider dans la construction du tableau et le graphique. Attention, aux positions sur le brin reverse.

Cordialement,
Emese Meglecz