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Arbre tronqué |
ElisaM
8 Mar 2021 10:13
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Je suis en train de travailler sur la partie "Arbre phylogénétique". Après avoir choisi des séquences du groupe d'étude et d'autres pour le groupe extérieur, j'ai suivi les étapes et fais un arbre. Je l'ai reenraciné. Cependant, deux séquences du groupe extérieur se retrouve au milieu de mon groupe d'étude, cf la partie Arbre sur annotathon.
Est-ce normal ou dois-je tout recommencer ?
Mon erreur vient-elle seulement des erreurs de précision ou se pourrait-il que je me sois trompée?
Cordialement
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Meglecz20CTES
8 Mar 2021 10:55
Maître de jeu |
Bonjour Elisa,
Je ne comprends pas comment vous avez établi votre groupe d’étude. Selon le tableau 4 il y a plusieurs groupes de qui a les meilleurs Evaleur affichés comme 0. Si vous êtes basée sur les scores, expliquez votre choix, car cela n’est pas visible dans votre annotation.
Une possibilité de mélange entre le groupe d’étude et groupe d’extérieure est le mauvais choix de groupe d’étude. Si vous êtes sûre d’avoir bien choisi votre groupe d’étude, alors regardez des vidéos de l’envoi 3 qui vous donne des pistes.
Cordialement,
Emese Meglécz
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ElisaM
9 Mar 2021 8:42
Contribution non évaluée |
D'accord
Mais comme de nombreux groupes ont une e-Valeur de 0 comment être sure de mon choix? que dois-je regarder?
En changeant de groupe d'étude j'ai obtenu cet arbre,
-------0.1-----
+----------n1_E-value=9e-179_WP_191274227.1_unnamed_protein_product
+-----+
| +-------------BASNA1_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Nocardiopsace
+-----------+
| +--------BASNSu1_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Nocardiopsac
+-------+
| |
| +------------------BASSS1_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Streptosporan
|
| +BASSNN2_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Streptospora
| |
| +---------------------+ +---BASSN2_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Streptosporan
| | | ++
| | | |+-BASSN1_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Streptosporan
| | +-+
| | +----BASSNN1_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Streptospora
+-----+
|
| +------------------------------------------------------------OMRGCv2_9592120_Traduction_1-1089_sens_direct
| |
+------+ +-----BASTAA1_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Thermomonosp
| |
+--+ +----------BASTA1_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Thermomonospo
| |
+-+ +------BASTAu2_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Thermomonosp
| |
+-++---BASTAu1_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Thermomonosp
||
++
| +-----BASTAu3_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Thermomonosp
+-+
|+----BASTA2_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Thermomonospo
++
+------BASTA3_Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Thermomonospo
Il me semble plus raisonnable mais le problème étant que mon groupe d'étude "Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales_Thermomonosp" a une E-valeur min de 0 et les autres genre de Bacteria_Actinobacteria_Streptosporangiales ont aussi pour la plupart une E-valeur de 0.
Cet arbre est-il donc correcte ou incorrect compte tenu des e-valeur?
Merci pour votre réponse
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Meglecz20CTES
9 Mar 2021 11:38
Maître de jeu |
Bonjour Élisa,
Comme c’est indiqué dans votre poste précédent (http://annotathon.org/?seeThread=2813), vos alignements BLAST sont longs et de bonne qualité qui fait que vous avez bcp d’Evaleurs < 1e180 (toutes affichées comme 0). Ceci vous empêche de différencier les groupes.
La plus simple sera de suivre mon conseil et faire le BLAST avec la traduction de l’ORF raccourcie. Cela va augmenter des Evaleurs, et vous aurez peut-être la possibilité d’identifier le groupe d’étude.
Votre choix de groupe d’étude actuelle n’est pas logique. Le groupe d’étude devrait avoir les meilleurs Evaleur parmi tous les hits et plus basse que l’Evaleur de groupe extérieur. Or le groupe extérieur a aussi des Evaleurs affichées comme 0.
Cordialement,
Emese Meglecz
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ElisaM
10 Mar 2021 8:36
Contribution non évaluée |
Rebonjour,
J'ai bien fais comme vous me l'avez dit, en faisant le Blast et le TaxReport pour un extrait de l'ORF et j'ai effectivement obtenu des résultats toujours proche de 0 mais pas totalement 0. et Il se trouve que le groupe des acidimicrobiales est le plus proche de 0. Cependant, il n'y a pas d'autres groupe extérieur faisant parti du groupe acidimicrobiia. Puis-je prendre par exemple les acidimicrobiales en groupe d'étude et actinobactéria en groupe extérieur ?
Cf un extrait du TaxReport pour l'extrait d'ORF
.LUCA
. Bacteria
. .Actinobacteria
. . Acidimicrobiia
. . .Acidimicrobiales
. . . Acidimicrobiaceae
. . . .Acidimicrobiaceae bacterium.................. 331 2e-109 74 hits Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Acidimicrobiaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Acidim...
. . . .Acidimicrobium sp. BACL17 MAG-120924-bin0.... 310 3e-101 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Acidimicrobiaceae: isopropylmalate isomerase [Acidimicrobium sp. BACL1...
. . . .Acidimicrobium sp. BACL19 MAG-120924-bin39... 295 2e-96 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Acidimicrobiaceae: isopropylmalate isomerase [Acidimicrobium sp. BACL1...
. . . .Acidimicrobium sp............................ 288 1e-92 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Acidimicrobiaceae: TPA: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [A...
. . . .Ferrithrix thermotolerans.................... 296 1e-95 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Acidimicrobiaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Fe...
. . . .Acidimicrobiaceae bacterium TMED224.......... 284 4e-91 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Acidimicrobiaceae: isopropylmalate isomerase [marine actinobacterium M...
. . . .Acidithrix................................... 284 5e-91 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Acidimicrobiaceae: MULTISPECIES: 3-isopropylmalate dehydratase lar...
. . . Acidimicrobiales bacterium.................... 315 3e-103 26 hits Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Acidim...
. . . Ilumatobacter sp.............................. 312 5e-102 4 hits Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Ilumatobacteraceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ilumat...
. . . Ilumatobacter coccineus....................... 308 3e-100 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Ilumatobacteraceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Il...
. . . Ilumatobacteraceae bacterium.................. 308 2e-100 8 hits Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Ilumatobacteraceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ilumat...
. . . Ilumatobacteraceae............................ 301 2e-97 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Ilumatobacteraceae: MULTISPECIES: 3-isopropylmalate dehydratase lar...
. . . Actinomarinicola tropica...................... 303 2e-98 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Iamiaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . . Acidimicrobiales bacterium mtb01.............. 301 8e-98 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Acidim...
. . . Candidatus Microthrix sp...................... 298 2e-96 10 hits Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Microthrixaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Cand...
. . . Candidatus Microthrix parvicella.............. 297 5e-96 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Microthrixaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ca...
. . . Microthrixaceae bacterium..................... 292 4e-94 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales:Microthrixaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Micr...
. . . Acidimicrobiales bacterium MED-G01............ 288 2e-92 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Acidim...
. . .Acidimicrobiia bacterium....................... 326 2e-107 91 hits Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Acti...
. . Actinobacteria bacterium........................ 325 4e-107 223 hitsBacteria:Actinobacteria:Actinobacteria: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Actino...
. . Actinomadura rubrisoli.......................... 316 1e-103 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura litoris............................ 315 2e-103 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura formosensis........................ 315 3e-103 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura bangladeshensis.................... 313 1e-102 4 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. LHW52907....................... 313 2e-102 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura pelletieri......................... 313 2e-102 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura viridis............................ 313 2e-102 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. BRA 177........................ 312 4e-102 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura craniellae......................... 312 4e-102 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura algeriensis........................ 312 5e-102 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura rubrobrunea........................ 311 8e-102 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. WMMB 499....................... 311 8e-102 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura latina............................. 311 1e-101 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. 5-2............................ 311 1e-101 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. J1-007......................... 310 2e-101 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura rayongensis........................ 310 2e-101 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. NAK00032....................... 310 2e-101 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura cremea............................. 310 3e-101 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura roseirufa.......................... 310 3e-101 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura geliboluensis...................... 310 3e-101 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. KC06........................... 309 5e-101 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura darangshiensis..................... 309 6e-101 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. GC306.......................... 309 6e-101 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura fibrosa............................ 309 7e-101 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. KC216.......................... 309 1e-100 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura syzygii............................ 308 1e-100 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura.................................... 308 2e-100 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: MULTISPECIES: 3-isopropylmalate dehydratase lar...
. . Actinomadura sp. CYP1-5......................... 308 2e-100 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura chibensis.......................... 308 2e-100 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura alba............................... 308 2e-100 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. WMMA1423....................... 308 3e-100 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. K4S16.......................... 307 5e-100 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. 7K534.......................... 307 5e-100 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. DSM 109109..................... 306 7e-100 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Actino...
. . Actinomadura luteofluorescens................... 306 7e-100 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura montaniterrae...................... 306 7e-100 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura atramentaria....................... 306 9e-100 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura meyerae............................ 306 1e-99 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. RB68........................... 306 1e-99 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura coerulea........................... 306 1e-99 3 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura mexicana........................... 306 1e-99 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura hallensis.......................... 306 1e-99 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura citrea............................. 306 2e-99 3 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura verrucosospora..................... 306 9e-97 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: hypothetical protein ACTIVE_7626 [Actinomadura verr...
. . Actinomadura sp. 7K507.......................... 305 2e-99 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. 14C53.......................... 305 2e-99 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura hibisca............................ 305 3e-99 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura flavalba........................... 305 3e-99 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura macra.............................. 305 4e-99 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. NEAU-G17....................... 304 4e-99 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. RB99........................... 304 5e-99 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. LD22........................... 304 6e-99 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. 6K520.......................... 304 7e-99 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. HBU206391...................... 302 4e-98 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura rudentiformis...................... 302 4e-98 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura namibiensis........................ 301 1e-97 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate/(R)-2-methylmalate dehydratase ...
. . Actinomadura sp. NEAU-Ht49...................... 301 1e-97 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura oligospora......................... 300 3e-97 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura madurae............................ 299 7e-97 3 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura sp. KC345.......................... 296 2e-95 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Ac...
. . Actinomadura catellatispora..................... 296 2e-95 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: MULTISPECIES: 3-isopropylmalate dehydratase lar...
. . Actinomadura parvosata subsp. kistnae........... 295 2e-95 1 hit Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: MULTISPECIES: 3-isopropylmalate dehydratase lar...
. . Thermomonospora catenispora..................... 316 2e-103 2 hits Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales:Thermomonosporaceae: 3-isopropylmalate dehydratase large subunit [Th...
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Meglecz20CTES
11 Mar 2021 10:16
Maître de jeu |
Bonjour Elisa,
Selon le Tableau 4, le choix de Acidimicrobiales n’est pas logique. Presque tous les ordres de Actinobacteria ont des Evaleurs proches de 0. Vous ne pouvez par arbitrairement choisir les Acidimicrobiales. Il faut donc prendre un groupe d’étude plus large. Peut-on prendre Actinobacteria ? Il y a un problème similaire: le phylum Chloroflexi a encore des valeurs proches de 0. Ceci nous pousse à choisir les Bacteria comme groupe d’étude. Néanmoins, dans ce cas, le groupe extérieur devrait être l’ensemble des Archaea, et les Eucaryotes, mais vous n’avez pas des séquences de ce domaine parmi les 5000 meilleurs hits, vous ne pouvez donc pas enraciner votre arbre.
Quelle est la longueur de morceaux de l’ORF que vous avez utilisée pour ce BLAST ? Vous pouvez peut-être encore raccourcir (par exemple 200 aa), pour augmenter des E-valeur et pour permettre un choix de groupe d’étude.
Une autre possibilité sera de faire le BLAST contre la BDD ref_seq protéine, qui est plus petite que le nr et contient moins d’erreurs.
En tous cas, il me semble qu’il sera difficile à déterminer le groupe taxonomique de cette séquence, car la protéine est fortement conservée à travers de plusieurs phyla, ce qui pose problème pour les séparer.
Avez-vous d’autres séquences potentielles pour l’analyse ?
Cordialement,
Emese Meglecz
P.S. Ne copiez pas les résultats bruts dans le message. Je peux les regarder dans votre annotation.
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ElisaM
16 Mar 2021 12:47
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Vous voulez dire qu'il faut que j'essaye d'autres séquences ? Parce que justemebnt je n'avais aucune autre séquence potentielle à étudier...
Cordialement
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Meglecz20CTES
17 Mar 2021 18:59
Maître de jeu |
Bonjour Élisa,
Vous pouvez suivre mes autres conseils (BDD ref_seq protéine, ORF encore plus raccourcie) ou changer la séquence. C’est votre choix.
Je sais que c’est décevant, mais assez souvent c’est mieux de choisir une autre séquence qui est plus simple à analyser jusqu’au bout.
Cordialement,
Emese Meglecz
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