Bonjour,

dans annothaton j'ai écris pour le rapport taxonomique dans l'analyse des résultats :

"Tableau 4 : Synthèse des classifications taxonomiques des protéines alignées par BLASTp contre NR

Groupe d'étude : Bactéria Actinobacteria Acidomicrobiia

Groupe extérieur : Bacteria:Actinobactéria sauf acidomicrobiia

La meilleur e-valeur du groupe d'étude est  de 0 tandis que la meilleur e-valeur du groupe extérieur est de 5e-180. En conséquence, la meilleur hit du groupe d'étude a une e-valeur au moins 10e-180 d'ordre de grandeur inférieur à celle du groupe extérieur. "

Or j'ai l'impression de m'être trompée, est-il normal d'avoir seulement 0 en e-value?

Cordialement

Bonjour,

Quand BLAST affiche une Evaleur 0.0 cela veut dire que la valeur est très petite, mais ce n'est pas 0. En dessous de 1e-180, à la place d'une Evaleur précise, BLAST affiche 0. Ceci peut être 1e-182 (donc 2 ordres de grandeur de différence par rapport au 1e-180) ou 1e-200 (donc 18 ordres de grandeur de différence par rapport au 1e-180) ou encore plus petite. On ne voit pas la différence, ce qui est peu pratique pour nous.

Vous avez 2 options:

1. Vous pouvez vous baser sur les scores des alignements affichés  dans le taxReport (résultats des l'outil http://annotathon.org/outils/blast_tax_report2.php ). Plus le score est élevé, plus l'Evaleur est petite. Cette solution n'est pas très confortable, mais faisable.

2. Vous pouvez refaire le BLAST avec une version raccourcie de l'ORF. Votre ORF est très longu(1092 nt) et due à la longueur des alignements et le bon niveau de la similarité entre l'ORF et ces homologues, les E-valeurs sont très basses. Si vous prenez une portion (disons 800 nt) de l'ORF pour faire le BLAST, les Evaleurs seront plus grandes, et le tableau 4 sera plus facile à interpréter. Si c'est la solution que vous choisissez, utilisez bien l'ORF complet pour la construction de l'arbre phylogénétique. L'ORF raccourci va servir uniquement pour le BLAST.

Bon tarvail,

Emese Meglecz

Bonjour,

Je suis moi aussi dans la situation d'un ORF long (356 aa) avec beaucoup d'e-value à 0 dans Blast. Pour confirmer mes hypothèses pour le rapport taxonomique, j'ai réduit la séquence pour ne plus avoir d'e-value aussi faible (253 aa) et voici ci-dessous le tax list que j'ai obtenu, qui confirme ces hypothèses (groupe d'étude : Rhodospirillales) avec un ordre de grandeur de 39.

Ma question est : si j'ai bien compris ce que vous dites dans le message précedent, c'est cette séquence tronquée que j'utilise pour les parties Blast et Rapport taxonomique mais pas pour la suite ?

Bonjour Thomas,

Oui. La séquence raccourcie est OK pour le BLAST, le TaxReport et pour le choix des homologues. Par contre, utilisez l’ORF complet à partir de l’alignement multiple, pour éviter de perte d’information.

Je suis contente que les postes précédents soient lus est utiles :)

Emese Meglecz

Bonjour,

J'ai lu vos deux potions que vous proposez, si je choisis la première cela veut dire que je laisse l'e-valeur à 0 sur le rapport c'est bien ça ?

Si par contre je choisis l'autre option, faut-il refaire tous les tableaux qui ont subi un changement ou simplement vous l'indiquer par une phrase que nous avons racourcie l'ORF pour avoir des "meilleurs" résultats.

Merci cordialement

Bonjour Sarah,

« …si je choisis la première cela veut dire que je laisse l'e-valeur à 0 sur le rapport c'est bien ça ? »
Oui. Par contre, expliquez bien que vous avez choisi le groupe d’étude en fonction des scores, et chiffrez votre raisonnement à l’aide des scores à la place de E-valeurs.

« Si par contre je choisis l'autre option, faut-il refaire tous les tableaux qui ont subi un changement ou simplement vous l'indiquer par une phrase que nous avons raccourci l'ORF pour avoir des "meilleurs" résultats. »
Vous pouvez garder le même tableau(en utilisant le BLAST avec l'ORF long) pour la fonction, mais il faut refaire le tableau dans la section de rapport taxonomique en utilisant le BLAST avec l'ORF raccourci.

Cordialement,
Emese Meglecz

Bonjour,

Puis-je laisser les deux tableau en indiquant bien lequel des deux est l'ORF long et le racourci ?

Merci cordialement

Bonjour Sarah,

Gardez le tableau original dans le bloc-notes, et dites que vous avez fait le rapport taxonomique à l’aide de séquence raccourcie.

Bon travail,
Emese Meglecz