Forum "Recherche d'ORF"

Sujet de discussion: ORF sans codon d'initiation

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ORF sans codon d'initiation
pierre_gerenton
5 Mar 2021 11:05
Contribution non évaluée

Bonjour,

 

J'ai fait une recherche d'ORF grâce à SMS sur ma séquence et j'ai trouvé 3 ORF.

En vérifiant que les ORF complet en 5' possédait un codon d'initiation ( xtg ), j'ai trouvé que l'ORF2 n'en avait pas et était donc un faux positif.

 

Le fait est que l'ORF2 est mon ORF le plus long.

De plus, dans les règles du jeu, il parle d"environnemental sample" pour les cas où il n'y a pas d'ORF.

 

J'avoue être un peu perdu... suis-je juste censé abandonné mon ORF2 ?

pierre_gerenton
5 Mar 2021 11:55
Contribution non évaluée

ERRATUM : Oubliez ce que j'ai dit, l'ORF2 est un NOVEL car il contient des homologues non caractérisés.

Il vaut mieux conserver l'ORF2 qui est long ou prendre un autre ORF comme l'ORF1 qui est KNOWN mais plus court ?