Bonjour,

J'ai du mal à comprendre la partie où on doit faire la légende et savoir si l orf est complet ou non... 

Puis-je avoir plus d'explications?

CDLT
S SEBBAGH

Bonjour Sheina,

Vous êtes en train de poser des questions de B-A-BA.

Regardez à nouveau le vidéo sur les ORF (ORF finder - Recherche de cadre ouvert de lecture) et lisez les ‘règles du jeu’ sur la partie ORF (http://annotathon.org/?actionjs=rules#orf ). Ensuite, essayez d’analyser votre séquence. Vous allez comprendre beaucoup des choses en faisant le travail et en réfléchissant.

Si vous êtes bloquée sur une question spécifique, parcourez le forum pour voir si une question similaire a déjà été posée. Sinon, posez votre question sur le forum. Plus votre description de problème est précise, plus facilement nous pouvons vous répondre.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour

J'ai suivi la vidéo et je n'ai pas compris cette partie...

Cdlt 

Sheina

Je vais essayer de reregarder

J'ai reregardé alors je vais reformuler ma question

Est ce que quand le début du brin est le même que le début de l'ORF, on met que l'ORF est incomplet de ce côté là?

Et je n'ai pas compris pourquoi il en est ainsi

J'espère que cette question trouvera sa réponse

Cdlt 

Sheina Sebbagh

Bonjour Sheina,

Quand on utilise ORF Finder avec le paramètre ‘Any codon’, il cherche des codons STOPs. S’il trouve un fragment d’ADN assez long sans codon STOP (dans le même cadre de lecture), il affiche ce fragment comme ORF potentiel.
Si on aurait une séquence à analyser infiniment longue, tous les ORF commenceraient juste après un codon STOP et ils termineraient avec un codon STOP. Tous les ORF seraient complets aux deux extrémités.
Dans la réalité, il n’y a pas des séquences infinies. Nous avons un morceau d’ADN qui est découpé aléatoirement. Du coup, et il est possible que la séquence contienne la fin ou le début d’un gène mais pas sa totalité. (voir Fig. 2 de cours sur la recherche d’ORF https://ametice.univ-amu.fr/pluginfile.php/2557818/mod_resource/content/1/2_ORF_recherche_homologues.pdf ).

Quand vous trouvez un ORF qui commence à moins de 3 bases de début de la séquence (pas de codon complet avant), ça veut dire qu’ORF Finder n’a pas trouvé de codon STOP avant l’ORF. On ne peut donc pas être sûre que l’ORF est complet à 5’. On dit alors qu’ORF est incomplet à 5’.
Même logique pour l’extrémité 3’ : si l’ORF se termine à moins de 3 bases avant la fin de la séquence, alors on n’a pas trouvé le codon STOP de la fin, donc l’ORF est incomplet à 3’.

Bon travail,
Emese Meglecz

 Bonjour,

C'est super clair merci beaucoup!!

Toujours sur le même sujet je voulais vous demander : sachant que les brins sont complémentaires, 5'----------3'

                                                                                                                                                                3'----------5' 

dans l'ORF indirect, on en tient compte? Dans la vidéo ils étaient tous complets des deux côtés sur ce brin donc je n'ai pas réussi à juger ... Cad que si mon ORF du brin indirect est incomplet du côté droit ce serait du 5' et non du 3' si on en tenait compte. En est - il ainsi?

J'espère que ma question était claire;

Je vous remercie pour votre réactivité et le temps que vous m'accordez

Cordialement

Sheina

Bonjour Sheina,
Je pense que la réponse à votre question se trouve ici.
http://annotathon.org/?seeThread=2418

Bonne soirée,
Emese Meglecz