Selon ORF finder, nous avons dans notre séquence un Début d'ORF mais il  ne commence ni par une méthionine, ni par les autres codons possibles d'initiation(la recherche d'orf a été refaite non plus avec any codon mais avec atg, gtg, ttg et ctg, il ne trouve alors plus d'ORF).
Comment peut-on expliquer cela?

J'ai refait la recherche d'ORF et que ce soit avec ATG ou les codons d'initiation alternatifs, SMS Orfinder retrouve bien des ORF! Plus courts, par définition, mais des ORFs tout de même.

En cas de doute sur les ORFs, un BLASTx peut aussi clarifier un peu les choses; dans votre cas c'est effectivement utile...