Bonjour, 

Nous rencontrons un probleme avec INTERPRO, il n'y a pas de résultats avec l'ORF d'intérêt de notre premirère séquence, nous essayons depuis hier mais sans succès. Il se trouve que les autres groupes rencontrent également ce problème avec l'ORF de leur première séquence. Comment faire ? Car nous devons choisir plus judicieusement le term GO ? 


En ce qui concerne le lien entre les bactéries et les eucaryotes il vient du fait que la fonction de la protéine putative s'intègre dans le processus de respiratoire cellulaire, à savoir qu'il a lieu dans chez les eurcaryotes dans la mitochondire qui est connue comme résultant de la fusion d'une bactérie avec une cellule eucaryote. Ainsi cela explique les valeurs d'e-values retrouvées dans le taxreport. 

Egalement nous avons fait les recherches BLAST vs NR avec comme paramètre "Archae" et il n'y a qu'une seule sortie avec une e-value non significative (0,8) et avec comme paramètre "Eukaryota" et il n'y a que 11 homologues trouvés dont 8 avec des e-values significatives donc étant en lien avec les alpha et dont 3 avec des e-values non-significatives (dont qui constitueraient des éléments du groupes externes (?)). ainsi nous pensons qu'une phylogénie avec le groupe d'intêret alpha-protéo et comme groupe externe les autres bactéries mais il n'y a que très peu de séquences en ce qui concerne ces dernières Flavobactéries (8), actinobactéries (1), Zétabactérie (1), bactérie non déterminées (5) ce qui semble peu pour constituer le groupe externe. Nous pensons donc faire une phylogénie comme cela..


En vous remerciant pour vos réponses et votre temps, 

Cordialement, 

PS : Pouvez -vous mettre la suite de  la correction"recherche OFR "?

Rosalie PRAT et Pierre VALLANTIN

Bonsoir,

- "un probleme avec INTERPRO..."

==> je viens de lancer Interpro avec la séq correspondant à votre 1ère annotation (TO18D_7237040), et j'ai bien obtenu un résultat (différent de votre résultat précédent : plus qu'une seule entrée IPR au lieu de deux, mais ce n'est pas grave, laissez vos résultats précédents). INTERPRO a donc l'air de fonctionner. Je n'ai pas pu me connecter plus tôt dans la journée, je n'ai donc pas pu constater que le site ne fonctionnait pas. Peut-être y avait-il une Mise à jour, une panne serveur, ou une migration, quelque chose dans le style...

- "En ce qui concerne le lien entre les bactéries et les eucaryotes ...de la fusion d'une bactérie avec une cellule eucaryote."

==> OUI, TB, c'est une endosymbiose qui s'est établie entre la bactérie ingérée et la cellule protoeucaryote.

- "Ainsi cela explique les valeurs d'e-values retrouvées dans le taxreport."

==> OUI, tout à fait. Ces séq euK sont donc effectivement évolutivement liées aux séq bactériennes, à ces seq d'alpha-. Les e-values faibles pour ces séq euK, parfois plus faibles que pour certaines autres séq bactériennes, indiquent que ces séq euK sont plus proches des séq alpha- que ne le sont certaines autres séq bactériennes.

- "Egalement nous avons fait les recherches BLAST vs NR avec comme paramètre "Archae" et il n'y a qu'une seule sortie avec une e-value non significative (0,8) et avec comme paramètre "Eukaryota" et il n'y a que 11 homologues trouvés dont 8 avec des e-values significatives donc étant en lien avec les alpha et dont 3 avec des e-values non-significatives (dont qui constitueraient des éléments du groupes externes (?)). ainsi nous pensons qu'une phylogénie avec le groupe d'intêret alpha-protéo et comme groupe externe les autres bactéries mais il n'y a que très peu de séquences en ce qui concerne ces dernières Flavobactéries (8), actinobactéries (1), Zétabactérie (1), bactérie non déterminées (5) ce qui semble peu pour constituer le groupe externe. Nous pensons donc faire une phylogénie comme cela.."

==> NON, cf message précédent. Pour votre 2eme séq, vos choix de groupe d'étude + externe étaient juste dans l'analyse des résultats. Si voux changez de groupe d'étude + externe, votre phylogénie sera à nouveau fausse. C'est la sélection des séq qui posait problème car elle ne correspondait pas à ce qui était annoncé dans votre analyse.

BON travail,

BW 

C'est fait pour le paragraphe ORF.

BON travail

BW